Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000274`

染色体: Chr05 坐标: 2123897-2126947 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000274`
名称	SmilChr05G000274
描述	phosphoglycerate mutase-like protein AT74
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2123897 - 2126947 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130984999`
GeneID	`130984999`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130984999`
原始查询	`LOC130984999`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phosphoglycerate mutase-like protein AT74
产物	phosphoglycerate mutase-like protein AT74
Arabidopsis	`AT3G05170` (AT3G05170) Phosphoglycerate mutase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819681] identity=70.1; qcov=0.925; evalue=2.15e-144; confidence=high
Rice	`Os05g0141700` - identity=71.3; qcov=0.915; evalue=2.96e-130; confidence=high
GO	GO:0016791 (phosphatase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00300 (His_Phos_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130984999

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057763702.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057763702.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057763702.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763702.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763702.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2124169`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B128,B98,D11,D6
`Chr5:2124209`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B123,B24,B34,B95,C20,C55,D1
`Chr5:2124313`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B28,B7,D7
`Chr5:2124502`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A16
`Chr5:2124502`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A16
`Chr5:2124541`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B13,B52,D7
`Chr5:2126372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B66,B79,C24,C46
`Chr5:2126375`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B66,B79,C24,C46
`Chr5:2126486`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B7
`Chr5:2126519`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B7,B85,D7
`Chr5:2126543`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B7
`Chr5:2126617`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763702.1

293 aa

146

293

His_Phos_1

PF00300 His_Phos_1 24-232 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763702.1`	Pfam	`PF00300`	His_Phos_1	Domain	24	232	4.2e-26	92.6	Histidine phosphatase superfamily (branch 1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907719.1
TTAAACTTTAAATTGTATATTTTGCATATAGAAGTAGAAGATGGGAATGCGTGGGTCATGAGTGGACAAATTGGTCCAAAGCGAACTGCAAGGTGGCGCCGCCTCCCGCTCTCCGCCGCGCAGCGCCGACGCCACACGCGTATACATCACCCCATCCCCACCGTTTCCTAATCCAAACCTATAATGTTAGGTAATTGCCATGATCAACCCCTACCTAGCCCTAAGCAGCGGGAGAGGGCTCTTCCGAAGCGGATAATCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130984999
ATGTTAGGTAATTGCCATGATCAACCCCTACCTAGCCCTAAGCAGCGGGAGAGGGCTCTTCCGAAGCGGATAATCCTCGTCCGCCACGGCGAGAGCGCCGGAAACATCGACGGCACCGCCTACGCCACCACCCCGGACAACCGCATACCCCTCACTCCTCAAGGCGACCAACAGTCCGAGCGCGCCGGCGCGCAGATCTACGACGTCGTCTCCGACGGCGGCGCTTTCTCCAACTGGAAGGTCTACTTCTACGTCTCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763702.1
MLGNCHDQPLPSPKQRERALPKRIILVRHGESAGNIDGTAYATTPDNRIPLTPQGDQQSERAGAQIYDVVSDGGAFSNWKVYFYVSPYARTRSTLRGIGRAFPRSRIIGAREECRIREQDFGNFQVAERMKVTKVIRERFGRFFYRFPEGESAADVFDRVSSFLESLWRDIDMNRLHRDPTEELNLVIVSHGLAIRVFLMKWFKWTVEQFEHLNNLGNCEFQVMQLGDGGEYSLAVQHTEEEMQEWGLSPDMIADQRWRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器