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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000276`

染色体: Chr05 坐标: 2136366-2137767 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000276`
名称	SmilChr05G000276
描述	E3 ubiquitin-protein ligase ATL6-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2136366 - 2137767 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985001`
GeneID	`130985001`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985001`
原始查询	`LOC130985001`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase ATL6-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase ATL6-like
Arabidopsis	`AT3G05200` (ATL6) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819684] identity=48; qcov=0.896; evalue=3.22e-83; confidence=high
Rice	`Os09g0468300` - identity=41.5; qcov=0.819; evalue=1.11e-57; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985001

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057763704.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763704.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763704.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763704.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057763704.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2136555`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B11,B66,C46
`Chr5:2136702`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B124
`Chr5:2136726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr5:2136747`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B18,B68,C22,C61
`Chr5:2136849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C17
`Chr5:2136958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr5:2137005`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr5:2137065`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,C26,C30
`Chr5:2137088`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C17
`Chr5:2137101`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	50	A10,A13,A15,A18,A2,A7,B102,B114,B120,B124,B126,B129,B133,B135,B140,B20,B22,B33,B38,B39,B46,B47,B5,B52,B58,B67,B71,B75,B77,B78,B83,B91,C10,C16,C26,C30,C33,C44,C52,C59,C65,C74,C75,C8,C80,C82,C85,C9,D11,D5
`Chr5:2137106`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	50	A10,A13,A15,A18,A2,A7,B102,B114,B120,B124,B126,B129,B133,B135,B140,B20,B22,B33,B38,B39,B46,B47,B5,B52,B58,B67,B71,B75,B77,B78,B83,B91,C10,C16,C26,C30,C33,C44,C52,C59,C65,C74,C75,C8,C80,C82,C85,C9,D11,D5
`Chr5:2137131`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B80,C84,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763704.1

365 aa

182

365

zf-RING_11

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF17123 zf-RING_11 124-153 aa PF13923 zf-C3HC4_2 124-166 aa PF13639 zf-RING_2 124-167 aa PF00097 zf-C3HC4 125-166 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763704.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	124	153	5.1e-09	36.4	RING-like zinc finger
`XP_057763704.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	124	166	5.3e-08	33.3	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057763704.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	124	167	2.5e-13	50.7	Ring finger domain
`XP_057763704.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	125	166	6.1e-06	26.7	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907721.1
TCTTTGCTTGAATTTCACGACACCTTCCAACCTCCTCTCTTTCTCTCTCATCTCCCTCTCTCTCTCCTCACACCTCTTTAATACGCCGTTTCCGCCGCACACACTCTTTCAAAGCTTCAATTATCCCAACATATATTATCTCGCTCCAAAAATTCATGCTCCAATTGCCCTAATTCTCATCATGAAATCCCCCTCGCAGCTCCGCCTGATTCTCCTCCTCCAATCCCTAATCCTCCTCCTCAGCTCCGCCGGAGCTCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985001
ATGAAATCCCCCTCGCAGCTCCGCCTGATTCTCCTCCTCCAATCCCTAATCCTCCTCCTCAGCTCCGCCGGAGCTCAGCCGCCGCCGGGGAGCAGCAATGAGAACCAGTTGAACTACGCCAAGTTCAGCCCCTCGATGGCGATCATCATCGTCGTGCTCATCGCGGCGCTCTTCTTCATGGGGTTCTTCTCGATCTACATCCGCCACTGCACCGAATCCGGCGGCAGCGCCGCCAGCGTCCGCCGCGCCCTCTCCATGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763704.1
MKSPSQLRLILLLQSLILLLSSAGAQPPPGSSNENQLNYAKFSPSMAIIIVVLIAALFFMGFFSIYIRHCTESGGSAASVRRALSMRGRRAAAARGLDSAVIETFPTFTYAEVKDHKIGKSALECAVCLNEFEDHETLRLIPKCDHVFHPECVDVWLESHTTCPVCRANLVPQAGDEPVQPSEPPPAAADNQSCDSRTGEIAVQIDDNQRNEPDRTPGFDFPNRPPRSWSVRTSTVVSLEKFRSHSTGHSLVRPGENLER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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