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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000279

染色体: Chr05 坐标: 2169076-2171996 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000279
名称SmilChr05G000279
描述increased DNA methylation 3-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2169076 - 2171996 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985004
GeneID130985004
locus_tag-
NCBI NameLOC130985004
原始查询LOC130985004

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述increased DNA methylation 3-like
产物increased DNA methylation 3-like
ArabidopsisAT1G54840 (AT1G54840)
HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841923]
identity=37.1; qcov=0.972; evalue=2.25e-68; confidence=medium
Rice-
-
GOGO:0005634 (nucleus); GO:1901537 (GO:1901537)
KEGG-
PfamPF31002 (IDM_N); PF31004 (IDM_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985004

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057763708.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057763708.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763708.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763708.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763708.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2169933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr5:2170116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr5:2170598 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B115
Chr5:2170598 A AGT 2bp_insertion CDS_variant 1 B115
Chr5:2170610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr5:2170611 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B115
Chr5:2170611 G GTA 2bp_insertion CDS_variant 1 B115
Chr5:2170669 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B51,C71
Chr5:2170727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,B80,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763708.1
391 aa
N
1
196
391
IDM_N
IDM_C
C
PF31002 IDM_N 12-165 aa PF31004 IDM_C 270-385 aa
XP_057763709.1
391 aa
N
1
196
391
IDM_N
IDM_C
C
PF31002 IDM_N 12-165 aa PF31004 IDM_C 270-385 aa
XP_057763710.1
363 aa
N
1
182
363
IDM_N
IDM_C
C
PF31002 IDM_N 12-165 aa PF31004 IDM_C 242-357 aa
XP_057763711.1
363 aa
N
1
182
363
IDM_N
IDM_C
C
PF31002 IDM_N 12-165 aa PF31004 IDM_C 242-357 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763708.1 Pfam PF31002 IDM_N Domain 12 165 3.1e-57 193.5 Increased DNA methylation protein N-terminal domain
XP_057763708.1 Pfam PF31004 IDM_C Domain 270 385 2.8e-52 176.0 Increased DNA methylation protein C-terminal domain
XP_057763709.1 Pfam PF31002 IDM_N Domain 12 165 3.1e-57 193.5 Increased DNA methylation protein N-terminal domain
XP_057763709.1 Pfam PF31004 IDM_C Domain 270 385 2.8e-52 176.0 Increased DNA methylation protein C-terminal domain
XP_057763710.1 Pfam PF31002 IDM_N Domain 12 165 2.6e-57 193.7 Increased DNA methylation protein N-terminal domain
XP_057763710.1 Pfam PF31004 IDM_C Domain 242 357 2.5e-52 176.2 Increased DNA methylation protein C-terminal domain
XP_057763711.1 Pfam PF31002 IDM_N Domain 12 165 2.6e-57 193.7 Increased DNA methylation protein N-terminal domain
XP_057763711.1 Pfam PF31004 IDM_C Domain 242 357 2.5e-52 176.2 Increased DNA methylation protein C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907727.1
TTTTTTTAAGACATGTGACAATTAGATCCCCTTTTTTTATGAGAGAATCGATGGTGACTCAATTGCTTCTCTACCTTCTTCTTCAACACTCTCTCTCTCTCTACAGATACATCGATTTGTCCGCTCACACTGAGTATCTACCTCACATGACTGGTTGAGAAATGGAAAATATGTCGTATGTATTGTTGACAGATGATCAGCACTTTCTTCTATACCTGATCATGGGAGCCTATTTCGCCCCTGATCTCAAGGAAGGAAGC...
XM_057907725.1
TTTTTTTAAGACATGTGACAATTAGATCCCCTTTTTTTATGAGAGAATCGATGGTGACTCAATTGCTTCTCTACCTTCTTCTTCAACACTCTCTCTCTCTCTACAGATACATCGATTTGTCCGCTCACACTGAGTATCTACCTCACATGACTGGTTGAGAAATGGAAAATATGTCGTATGTATTGTTGACAGATGATCAGCACTTTCTTCTATACCTGATCATGGGAGCCTATTTCGCCCCTGATCTCAAGGAAGGAAGC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130985004
ATGGAAAATATGTCGTATGTATTGTTGACAGATGATCAGCACTTTCTTCTATACCTGATCATGGGAGCCTATTTCGCCCCTGATCTCAAGGAAGGAAGCCCCCTGAAGTCTGCTTTACAAAGACGTGCTGAAGGCCTCGGAGAATACCTTGCAAATGACTTAGCAAGCTCGCGGATAAACACAACTGTAATGGAGAATGTCTATTATTATGTGCTGCGAAAGGCAGAACCATCCGTTGTTGTTAAGCAGTCTATGCTGCT...
LOC130985004
ATGGAAAATATGTCGTATGTATTGTTGACAGATGATCAGCACTTTCTTCTATACCTGATCATGGGAGCCTATTTCGCCCCTGATCTCAAGGAAGGAAGCCCCCTGAAGTCTGCTTTACAAAGACGTGCTGAAGGCCTCGGAGAATACCTTGCAAATGACTTAGCAAGCTCGCGGATAAACACAACTGTAATGGAGAATGTCTATTATTATGTGCTGCGAAAGGCAGAACCATCCGTTGTTGTTAAGCAGTCTATGCTGCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057763708.1
MENMSYVLLTDDQHFLLYLIMGAYFAPDLKEGSPLKSALQRRAEGLGEYLANDLASSRINTTVMENVYYYVLRKAEPSVVVKQSMLLDYIHGSVPITLEGSVMHLQFDDLFPPMLHHRSECMDQHSTIDSIVLISNPQMSYLKPCDLERFKRLTGLEDLHLDCKTLVPHISVDDSALRNTMQQDNVQPLDYIPGAETYPDGNKPSDSTMHFSYSSCDVILTLVSRGSTELSQITASSGKEIDQGMLFLPSCPTKEEWSNL...
XP_057763709.1
MENMSYVLLTDDQHFLLYLIMGAYFAPDLKEGSPLKSALQRRAEGLGEYLANDLASSRINTTVMENVYYYVLRKAEPSVVVKQSMLLDYIHGSVPITLEGSVMHLQFDDLFPPMLHHRSECMDQHSTIDSIVLISNPQMSYLKPCDLERFKRLTGLEDLHLDCKTLVPHISVDDSALRNTMQQDNVQPLDYIPGAETYPDGNKPSDSTMHFSYSSCDVILTLVSRGSTELSQITASSGKEIDQGMLFLPSCPTKEEWSNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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