Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000291`

染色体: Chr05 坐标: 2227177-2232336 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000291`
名称	SmilChr05G000291
描述	deSI-like protein At4g17486
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2227177 - 2232336 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985016`
GeneID	`130985016`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985016`
原始查询	`LOC130985016`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	deSI-like protein At4g17486
产物	deSI-like protein At4g17486
Arabidopsis	`AT5G47310` (AT5G47310) PPPDE putative thiol peptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834778] identity=62; qcov=1.02; evalue=2.87e-102; confidence=high
Rice	`Os03g0100900` - identity=65.7; qcov=0.884; evalue=8.14e-95; confidence=high
GO	GO:0016579 (protein deubiquitination); GO:0101005 (deubiquitinase activity)
KEGG	-
Pfam	PF05903 (Peptidase_C97)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985016

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057763735.1`
2	Endosome	内体	0.60000	`XP_057763735.1`
3	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.40000	`XP_057763735.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057763735.1`
5	Endosome membrane	内体膜	0.20000	`XP_057763735.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2227810`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B124,B23
`Chr5:2230332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,C33
`Chr5:2230521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763735.1

224 aa

112

224

Peptidase_C97

PF05903 Peptidase_C97 26-160 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763735.1`	Pfam	`PF05903`	Peptidase_C97	Domain	26	160	3.9e-52	176.8	PPPDE putative peptidase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907752.1
AGTACAACGTGAATAATTGATTTTAAAAAAAGCTTTTTAAAATATCAACCTCTCTTTCTCTCTCCTCCATCATGGGATTGAGAAGCTGTAATCATTCGGACATCACATCTGCGAATTTCCCCTTCAAATCTTCTGTAACTTCTCTCTCTTTCTCTCTCTAAATTCTCAGATATACATCTGTATGTGATCACGATTCACGGACTGGCATGTGGTTTCATTGAAGGGATTGTGGAGTTTTAAGGATGTTGAGCTCTTGAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985016
ATGCGATTGTTTCCGATTTCTACGAGCTCAGATAGTTCGCCCAGGGAGCTGAACAACTCGGAGAAAAGTCAGGCGCCGCTTTACCTAAATATATATGATCTCACTCCTATGAACAACTATCTTTATTGGTTTGGATGTGGGATTTTTCATTCCGGCATTGAAGCACATGGCCTGGAATATGGATTTGGAGCTCATGAGTACCCAACAAGTGGAGTGTTTGAGGTTGAACCTAGAGGTTGCCCTGGTTTTATATTTAGACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763735.1
MRLFPISTSSDSSPRELNNSEKSQAPLYLNIYDLTPMNNYLYWFGCGIFHSGIEAHGLEYGFGAHEYPTSGVFEVEPRGCPGFIFRRAIHLGSTDMSRSEFRSFMEHLSSNYHGDTYNLISKNCNHFTDEVCQRLTGKAIPGWVNRLARLGSFCNCLLPESIQATQVTHLPDVEMCSEDGTEIGASYVTGESEEEEMDHHLLTTASSDIAFLKDKPVRLAKDIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器