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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000301

染色体: Chr05 坐标: 2294070-2301136 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000301
名称SmilChr05G000301
描述trafficking protein particle complex II-specific subunit 130 homolog
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2294070 - 2301136 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985024
GeneID130985024
locus_tag-
NCBI NameLOC130985024
原始查询LOC130985024

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述trafficking protein particle complex II-specific subunit 130 homolog
产物trafficking protein particle complex II-specific subunit 130 homolog
ArabidopsisAT5G54440 (CLUB)
CLUB [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835532]
identity=55.8; qcov=0.89; evalue=9.02e-44; confidence=medium
RiceOs12g0554400 (TRS130)
-
identity=49.3; qcov=0.89; evalue=6.53e-37; confidence=medium
GOGO:0006891 (intra-Golgi vesicle-mediated transport); GO:0034498 (early endosome to Golgi transport); GO:1990071 (TRAPPII protein complex)
KEGG-
PfamPF30303 (TRAPPC10-Trs130_NTS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985024

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057763753.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057763753.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763753.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763753.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763753.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2294215 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 2 C77,D2
Chr5:2294215 A AG 1bp_insertion CDS_variant 2 C77,D2
Chr5:2294220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C19
Chr5:2294226 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 22 A10,B113,B12,B120,B129,B130,B139,B26,B3,B86,B97,B99,C10,C22,C29,C38,C40,C42,C43,C6,C65,C87
Chr5:2294260 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A18,A6,B1,B100,B122,B132,B135,B139,B27,B3,B36,B41,B6,B7,B8,B88,C14,C22,C39,C40,C76,C77,C8,C82,C87,D2
Chr5:2294282 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B16
Chr5:2294282 CAA C 2bp_deletion CDS_variant 1 B16
Chr5:2294303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,B83,B98,C59
Chr5:2294329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B44
Chr5:2294340 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B112
Chr5:2294340 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 1 B112
Chr5:2294361 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B135,B4,C19,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763753.1
155 aa
N
1
78
155
TRAPPC10-Trs130_NTS
C
PF30303 TRAPPC10-Trs130_NTS 59-116 aa
XP_057763754.1
155 aa
N
1
78
155
TRAPPC10-Trs130_NTS
C
PF30303 TRAPPC10-Trs130_NTS 59-116 aa
XP_057763755.1
155 aa
N
1
78
155
TRAPPC10-Trs130_NTS
C
PF30303 TRAPPC10-Trs130_NTS 59-116 aa
XP_057763756.1
155 aa
N
1
78
155
TRAPPC10-Trs130_NTS
C
PF30303 TRAPPC10-Trs130_NTS 59-116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763753.1 Pfam PF30303 TRAPPC10-Trs130_NTS Repeat 59 116 1.1e-23 84.7 TRAPPC10/Trs130, NTS-like domain
XP_057763754.1 Pfam PF30303 TRAPPC10-Trs130_NTS Repeat 59 116 1.1e-23 84.7 TRAPPC10/Trs130, NTS-like domain
XP_057763755.1 Pfam PF30303 TRAPPC10-Trs130_NTS Repeat 59 116 1.1e-23 84.7 TRAPPC10/Trs130, NTS-like domain
XP_057763756.1 Pfam PF30303 TRAPPC10-Trs130_NTS Repeat 59 116 1.1e-23 84.7 TRAPPC10/Trs130, NTS-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XR_009088854.1
CTCTCTTCTACATGGCACTCCCACAATCCTTTATTTCATATTATCTCAAATGTTTTTTCCTCACGCCTAGCTTCAGCCTTCACATCTTTTTTCCCACAAATTTTACACAGCCCACGCTTCAGCCGTTACATCTCTCAAAGCTTCTCTCCCAATATGAGTTTCCATCAATCTTGCCACAAATCTCAAACAATCCCCTGTGTAATTGAGAGATTTATTCTCTGTCGCGACTTCTCAAACAATCTCAAACTAAATTGCGGTGT...
XR_009088857.1
CTCTCTTCTACATGGCACTCCCACAATCCTTTATTTCATATTATCTCAAATGTTTTTTCCTCACGCCTAGCTTCAGCCTTCACATCTTTTTTCCCACAAATTTTACACAGCCCACGCTTCAGCCGTTACATCTCTCAAAGCTTCTCTCCCAATATGAGTTTCCATCAATCTTGCCACAAATCTCAAACAATCCCCTGTGTAATTGAGAGATTTATTCTCTGTCGCGACTTCTCAAACAATCTCAAACTAAATTGCGGTGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130985024
ATGAATTTCCTGAAGATATTTGTTAATATGGCAGGAAAACAGAGGGACTTTGGAGGAGTGGAGAAGGGAGATGATCAGGCTACACGGCTTGATCCTGGGAAAAAAACATTAGCTCAGATTTTTCAAGATGACTCTTTTAGGGAGTTTGAGTTCAAGCAGTATTTATTTGCTTGTCAAGCTAAGAGTATGTTGCCATTTTGTATGCGTGAAGTCTGGGTAATCACAGCTTGCTTGGCGTTAATCGGTGCAACTGCTTCTAA...
LOC130985024
ATGAATTTCCTGAAGATATTTGTTAATATGGCAGGAAAACAGAGGGACTTTGGAGGAGTGGAGAAGGGAGATGATCAGGCTACACGGCTTGATCCTGGGAAAAAAACATTAGCTCAGATTTTTCAAGATGACTCTTTTAGGGAGTTTGAGTTCAAGCAGTATTTATTTGCTTGTCAAGCTAAGAGTATGTTGCCATTTTGTATGCGTGAAGTCTGGGTAATCACAGCTTGCTTGGCGTTAATCGGTGCAACTGCTTCTAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057763753.1
MNFLKIFVNMAGKQRDFGGVEKGDDQATRLDPGKKTLAQIFQDDSFREFEFKQYLFACQAKSMLPFCMREVWVITACLALIGATASNYEDGLAAPDAEKEFYLVQGELYTLCHTKVTMQFHKSSFRKLRVYSISLFPCQYKHRECTFTWKLVMKC
XP_057763754.1
MNFLKIFVNMAGKQRDFGGVEKGDDQATRLDPGKKTLAQIFQDDSFREFEFKQYLFACQAKSMLPFCMREVWVITACLALIGATASNYEDGLAAPDAEKEFYLVQGELYTLCHTKVTMQFHKSSFRKLRVYSISLFPCQYKHRECTFTWKLVMKC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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