当前解析结果
SmilChr01G002599| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002599 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002599 |
| 描述 | UDP-galactose/UDP-glucose transporter 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 44154876 - 44158260 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985025 |
|---|---|
| GeneID | 130985025 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985025 |
| 原始查询 | LOC130985025 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-galactose/UDP-glucose transporter 2 |
| 产物 | UDP-galactose/UDP-glucose transporter 2 |
| Arabidopsis | AT1G12600 (AT1G12600)UDP-N-acetylglucosamine (UAA) transporter family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837816] identity=81; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0118200- identity=78; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08449 (UAA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985025 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057763759.1 |
| 2 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.40000 | XP_057763759.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057763759.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057763759.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057763759.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:44155534 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | A14,A19,B102,C12,C54 |
Chr1:44155534 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | A14,A19,B102,C12,C54 |
Chr1:44155838 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B21,B31,C14,C72 |
Chr1:44155863 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B55,C77 |
Chr1:44156173 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,C85 |
Chr1:44156214 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B135,B2,C12 |
Chr1:44157033 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B89,B98,C48 |
Chr1:44157041 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B20 |
Chr1:44157069 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B33 |
Chr1:44157105 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B89,B98,C48 |
Chr1:44157823 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,B59,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057763759.1PF08449
UAA 23-310 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057763759.1 |
Pfam | PF08449 |
UAA | Family | 23 | 310 | 1.9e-82 | 277.6 | UAA transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。