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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002599

染色体: Chr01 坐标: 44154876-44158260 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002599
名称SmilChr01G002599
描述UDP-galactose/UDP-glucose transporter 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向44154876 - 44158260 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985025
GeneID130985025
locus_tag-
NCBI NameLOC130985025
原始查询LOC130985025

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-galactose/UDP-glucose transporter 2
产物UDP-galactose/UDP-glucose transporter 2
ArabidopsisAT1G12600 (AT1G12600)
UDP-N-acetylglucosamine (UAA) transporter family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837816]
identity=81; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0118200
-
identity=78; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000139 (Golgi membrane); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF08449 (UAA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985025

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057763759.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057763759.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763759.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763759.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763759.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:44155534 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 5 A14,A19,B102,C12,C54
Chr1:44155534 AC A 1bp_deletion CDS_variant 5 A14,A19,B102,C12,C54
Chr1:44155838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B31,C14,C72
Chr1:44155863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C77
Chr1:44156173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C85
Chr1:44156214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B2,C12
Chr1:44157033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B89,B98,C48
Chr1:44157041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr1:44157069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr1:44157105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B89,B98,C48
Chr1:44157823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B59,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763759.1
353 aa
N
1
176
353
UAA
C
PF08449 UAA 23-310 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763759.1 Pfam PF08449 UAA Family 23 310 1.9e-82 277.6 UAA transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907776.1
ACACTATTCATGGTTATGTATGCTGTCGCCAACTCCCTCACACCTGCTTTTCTGCCTATAGCCGTCTCCCCCAACACACACACATATATGTAATGTACCGACGAGGCAAAGGACGCGCACAGATATTTATTTATTTATTTATATATGTACTAATATATATGGTGGTATAGAGAGGAGTGTGTGTGTGTGTGCTTTTGATACTTTTCTTGCGCATACAAAAGCCCCTTTCTTTTCAGTCTTTTTCATTCCTTCCGCCATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985025
ATGAAGAAGGAGGATCAAGCCAGGTCTCTCTTGGGGATATCTTTGACTGGCAGGCCCACGTGGCAGCAGTTCTTAATTTGCTCTTCTGGATTCTTCTTCGGCTATCTCGTCAATGGAATTTGTGAGGAATATGTCTACAATCGCCTAAGTTTCAGCTATGGTTGGTATTTCACCTTTGTGCAAGGCTTTGTATATTTGGTGCTTATCTACTTACAGGGCTTCACCACCAAGCAAATGGTGAATCCATGGAAAACATATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057763759.1
MKKEDQARSLLGISLTGRPTWQQFLICSSGFFFGYLVNGICEEYVYNRLSFSYGWYFTFVQGFVYLVLIYLQGFTTKQMVNPWKTYVKLSAVLMGSHGLTKGSLAYLNYPAQIMFKSTKVLPVMVMGAFIPGLRRKYPIHEYISAILLVIGLILFTLADANTSPNFNIIGIAMIVGALVMDSFLGNFQEAIFTMNPETTQMEMLFCSTVVGLPFLLAPMILTGELFRAWSSCYEHPYVYGVLVFEAMATFIGQVSVLSLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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