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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000331

染色体: Chr05 坐标: 2470995-2472851 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000331
名称SmilChr05G000331
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g42920, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2470995 - 2472851 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985051
GeneID130985051
locus_tag-
NCBI NameLOC130985051
原始查询LOC130985051

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g42920, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g42920%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G42920 (AT2G42920)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818893]
identity=54.3; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0635000
-
identity=45.9; qcov=0.969; evalue=8.34e-155; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF20431 (E_motif); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985051

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057763802.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763802.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763802.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763802.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057763802.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2471296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B22,B91
Chr5:2471303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C84,D6
Chr5:2471372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,B80
Chr5:2471422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B36,C81
Chr5:2471433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B36
Chr5:2471460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B60,C22
Chr5:2471483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B41,B91,C32,C68
Chr5:2471517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:2471543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B121,B75,C5,C67
Chr5:2471629 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C74
Chr5:2471629 CAG C 2bp_deletion CDS_variant 1 C74
Chr5:2471640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763802.1
519 aa
N
1
260
519
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF13041 PPR_2 85-133 aa PF01535 PPR 88-114 aa PF01535 PPR 162-188 aa PF01535 PPR 190-215 aa PF12854 PPR_1 219-247 aa PF13041 PPR_2 219-266 aa PF23276 TPR_24 220-315 aa PF01535 PPR 221-250 aa PF01535 PPR 293-320 aa PF01535 PPR 323-351 aa PF01535 PPR 394-419 aa PF20431 E_motif 441-500 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763802.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 85 133 7e-57 190.1 PPR repeat family
XP_057763802.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 88 114 6.5e-56 183.5 PPR repeat
XP_057763802.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 162 188 6.5e-56 183.5 PPR repeat
XP_057763802.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 190 215 6.5e-56 183.5 PPR repeat
XP_057763802.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 219 247 1.3e-38 131.1 PPR repeat
XP_057763802.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 219 266 7e-57 190.1 PPR repeat family
XP_057763802.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 220 315 8.7e-12 45.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057763802.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 221 250 6.5e-56 183.5 PPR repeat
XP_057763802.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 293 320 6.5e-56 183.5 PPR repeat
XP_057763802.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 323 351 6.5e-56 183.5 PPR repeat
XP_057763802.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 394 419 6.5e-56 183.5 PPR repeat
XP_057763802.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 441 500 2.8e-11 44.2 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907819.1
TTCTCATCTTCTATCCCGCCCACACAAGTTGGGGGTGCTTCAGCCCACCCTAATCCATCACTGCACATAACCTTATCCATCGACACAGTTTGAGGTTTAGGCCAAATCTACTCAAACTCTGAAACTACGCCATTTTTCTCCATTCACGAAGCTTAATCAAACAATTACAAGAAGCAGAAGCAATCCCATTCATGGTAAGATTCCTTTTCCCTCACCTCAACATAGTCCAAACGCAATTCTTCTTCTACAATTACAAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985051
ATGCCGGCATGTTTCAGCTCCTTCAATCCACCTTCAACCTCTATCTCAAAGTTTATCTCAAACCACCCACACCTCTCAATGCTGGAAACCAGCTGCCGCACAATCACAGACCTCAAACAAATCCACGCACACCTCCTCAAAACCGGCCTCGCCGCCGACACCATAGCCGCTAGCAGACTCCTAACCTTCTGCGCCACCTCCGCCGCCGCCGACCTCAATTACGCGCTCTCACTCTTCCGCCGCATCCAGAAACCCAATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057763802.1
MPACFSSFNPPSTSISKFISNHPHLSMLETSCRTITDLKQIHAHLLKTGLAADTIAASRLLTFCATSAAADLNYALSLFRRIQKPNLFTWNTIIRGFSRSSNPHLAISLFIEMLNTSEIPPSNLTYPSIFKAYTQLGLAEDGAQLHGRIIKQGLESDPFIRNSIIHMYANCGLLMNACKLFDESRERDIVAWNSMIMGLAKCGEIEESWRLFCEIPFRNEISWNTMISGFVRNGRWIEAFHLFHEMQSKQVKPTEFTLVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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