Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000338

染色体: Chr05 坐标: 2517140-2530900 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000338
名称SmilChr05G000338
描述callose synthase 7-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2517140 - 2530900 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985058
GeneID130985058
locus_tag-
NCBI NameLOC130985058
原始查询LOC130985058

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述callose synthase 7-like
产物callose synthase 7-like
ArabidopsisAT1G06490 (CalS7)
glucan synthase-like 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837160]
identity=71.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0182300 (GSL5)
-
identity=54.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000148 (1,3-beta-D-glucan synthase complex); GO:0003843 (1,3-beta-D-glucan synthase activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006075 ((1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF02364 (Glucan_synthase); PF04652 (Vta1); PF14288 (FKS1_dom1); PF25968 (CALS1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985058

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057763808.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763808.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763808.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763808.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057763808.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2517554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B51,B88,C21,C57
Chr5:2517617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B30,C26
Chr5:2517671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr5:2519141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr5:2519562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B58
Chr5:2520079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C21
Chr5:2520133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B58
Chr5:2520294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C84
Chr5:2520468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr5:2520492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B58
Chr5:2520543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,B88,C57
Chr5:2520750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763808.1
1906 aa
N
1
953
1906
Vta1
FKS1_dom1
CALS1
Glucan_synthase
Glucan_synthase
C
PF04652 Vta1 44-186 aa PF14288 FKS1_dom1 316-428 aa PF25968 CALS1 835-1018 aa PF02364 Glucan_synthase 1025-1106 aa PF02364 Glucan_synthase 1121-1719 aa
XP_057763809.1
1830 aa
N
1
915
1830
FKS1_dom1
CALS1
Glucan_synthase
Glucan_synthase
C
PF14288 FKS1_dom1 240-352 aa PF25968 CALS1 759-942 aa PF02364 Glucan_synthase 949-1030 aa PF02364 Glucan_synthase 1045-1643 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763808.1 Pfam PF04652 Vta1 Family 44 186 2.7e-13 50.9 Vta1 like
XP_057763808.1 Pfam PF14288 FKS1_dom1 Family 316 428 1e-43 148.9 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1, domain-1
XP_057763808.1 Pfam PF25968 CALS1 Domain 835 1018 8.8e-65 218.5 Callose synthase 1 domain
XP_057763808.1 Pfam PF02364 Glucan_synthase Family 1025 1106 4.6e-230 766.8 1,3-beta-glucan synthase component
XP_057763808.1 Pfam PF02364 Glucan_synthase Family 1121 1719 4.6e-230 766.8 1,3-beta-glucan synthase component
XP_057763809.1 Pfam PF14288 FKS1_dom1 Family 240 352 9.1e-44 149.0 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1, domain-1
XP_057763809.1 Pfam PF25968 CALS1 Domain 759 942 8.4e-65 218.6 Callose synthase 1 domain
XP_057763809.1 Pfam PF02364 Glucan_synthase Family 949 1030 4e-230 767.0 1,3-beta-glucan synthase component
XP_057763809.1 Pfam PF02364 Glucan_synthase Family 1045 1643 4e-230 767.0 1,3-beta-glucan synthase component

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907825.1
GGAAGATGATGAAGAAAGGTGGCGACGACAGAAACAGCAATGGCGTCGGCGCATCAGATACAGTCCCTCCTCCTCAAGCATTCCTCCTCGTATTCAACAAAGCTAGTGCGCTTCTGATTTCCCACCATTAAACAAAACCCAAAAACCCCATAAAGCAAAACCACTCACACTAAGCAAAAGCAAGCCAAAGCCAAAGCTAAAAAGCACCTATTTTTATGCACACATCAAAACAAACATTTTTTCCCACTCTTCCTTACCCC...
XM_057907826.1
TATGTAAATTTCAACCATCTACCTATCTGGCTCCGATTCGATTTGGTTGTTATGGAATTATGCTGGAGATTCCAGCCTTTTTGTGGGTGTGTGAAGTATTAGGATTTAGGAACATGGAATCAGAAGTGCATCTGCTCTTTTAAGTCCGCGGCCCTGGGGCCGGCCCTGGCCCGGGGGGGCCAAGAATCGGAGACCTTTGGTTTGTGAAACGAGGCCGTTTCCATGCATTTGAGAAAGCACACCGGATGGACCCAACCTCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985058
ATGGCTAGTTCGAGCGGGACCAAGAGCGAGCTCAGCCCGCGCTTGCCGTCGAGGAGGACGCCCACCATGGTGGACCGCGCCGACGACAGCGCCGCCGTCGACAGCGAGCTCGTGCCCTCGTCGCTGGCCTCCATCGCGCCCATCCTCCGCGTCGCAAACGAAGTTGAGAAGGAGAATCCCAGAGTTGCTTATTTATGCCGTTTCCATGCATTTGAGAAAGCACACCGGATGGACCCAACCTCAAGTGGGCGGGGTATTCG...
LOC130985058
ATGGACCCAACCTCAAGTGGGCGGGGTATTCGGCAGTTTAAGACGTATTTGCTGCACAGACTTGAAACGGAAGAAGAAGAGACGAAACCCATACTTGCCTCAAATGATCCTAGAGAAATCCAGAGATATTATCAGATGTTCTATGAGAAGAATATCCGAGAGGGCCAATATACCAAAAAACCGGAAGAGATGGCTAAGATATATCAGATTGCTACTGTATTGCATGATGTCCTGAGGACGGTAGTACCTCCATCAAAAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057763808.1
MASSSGTKSELSPRLPSRRTPTMVDRADDSAAVDSELVPSSLASIAPILRVANEVEKENPRVAYLCRFHAFEKAHRMDPTSSGRGIRQFKTYLLHRLETEEEETKPILASNDPREIQRYYQMFYEKNIREGQYTKKPEEMAKIYQIATVLHDVLRTVVPPSKVDDQTHRYAKDVEEKKEQYAHYNILPLYAVGVKPAIMELPEIKAALCAIRSVDDLPMFLMPDGKERRVIDILEWLSLRFGFQKGNVANQREHLILLLA...
XP_057763809.1
MDPTSSGRGIRQFKTYLLHRLETEEEETKPILASNDPREIQRYYQMFYEKNIREGQYTKKPEEMAKIYQIATVLHDVLRTVVPPSKVDDQTHRYAKDVEEKKEQYAHYNILPLYAVGVKPAIMELPEIKAALCAIRSVDDLPMFLMPDGKERRVIDILEWLSLRFGFQKGNVANQREHLILLLANMDVRNKNLQDYELLDSSTVERLMDKVFKNYQSWCKYLHTASNLECPWGDRRQQSQLLYIGLYLLIWGEASNLRFM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器