Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000346`

染色体: Chr05 坐标: 2579215-2583642 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000346`
名称	SmilChr05G000346
描述	subtilisin-like protease SBT5.3
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2579215 - 2583642 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985066`
GeneID	`130985066`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985066`
原始查询	`LOC130985066`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	subtilisin-like protease SBT5.3
产物	subtilisin-like protease SBT5.3
Arabidopsis	`AT2G04160` (AIR3) Subtilisin-like serine endopeptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814953] identity=65; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0479900` (OsSub58) - identity=61.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00082 (Peptidase_S8); PF02225 (PA); PF05922 (Inhibitor_I9); PF17766 (fn3_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985066

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057763822.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057763822.1`
3	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057763822.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763822.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763822.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2579450`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:2579505`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:2579513`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,D10
`Chr5:2579592`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr5:2579618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr5:2579699`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr5:2579705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B13,B33,C8
`Chr5:2579718`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B81,C5
`Chr5:2579751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:2579781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:2579819`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr5:2579832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763822.1

768 aa

384

768

Inhibitor_I9

Peptidase_S8

fn3_6

PF05922 Inhibitor_I9 27-112 aa PF00082 Peptidase_S8 140-598 aa PF02225 PA 397-472 aa PF17766 fn3_6 670-765 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763822.1`	Pfam	`PF05922`	Inhibitor_I9	Domain	27	112	2e-16	61.2	Peptidase inhibitor I9
`XP_057763822.1`	Pfam	`PF00082`	Peptidase_S8	Domain	140	598	4.5e-38	131.9	Subtilase family
`XP_057763822.1`	Pfam	`PF02225`	PA	Domain	397	472	4.1e-14	53.2	PA domain
`XP_057763822.1`	Pfam	`PF17766`	fn3_6	Domain	670	765	4.4e-29	101.3	Fibronectin type-III domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907839.1
ATCACCTCGTAACGATCATTTCTTACGAATGAAGTCAAACAATGATGGGGTTTCAAACTTTTTGGCTATTGAAAGGTCAACACCACACCCTTCAAGAATCTATTAAATATCTGATGCTGCTGCTGCAACCAATACAAACTACTCACTATCACTACACATTCTTTCCCTTTAGTGGTGTGAGTGGAAGCTTGTTGGATTTCAAAGAAGAAAAAGAAACAAAAAAAGATTTATCTAAAGTGAGGAGCAATGAGAAGTATTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985066
ATGAGAAGTATTAGCGCTCTTGCTCATATCTCACTTGTTCTAACACTATTGCTTAGACCCACATTTGCCACCAAAAAGTCATATGTGGTGTATTTGGGAGCTCATTCACACGGAAAAGGAATCGCATCTAGTGATTATGATAGAGTCACAGAGTCTCATTATCAGTTTCTTGGATCATTCTTGGGCAGCTCTGATAAGGCCAAAGACGCAATTTTCTACTCATACACTAAACACATCAATGGGTTTGCTGCAATTCTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763822.1
MRSISALAHISLVLTLLLRPTFATKKSYVVYLGAHSHGKGIASSDYDRVTESHYQFLGSFLGSSDKAKDAIFYSYTKHINGFAAILEDEEASQISKHPKVVSVFLNQGKKLHTTRSWGFLGLESNGEIRAGSLWKKARFGEDTIIGNLDTGVWPASKSFSDEELGPVPSKWRGICQNDLDASFRCNRKLIGARYFNKGYSAVVGPLNSTFRTPRDTEGHGSHTLSTAGGNFVRGASVFGFGNGTAKGGSPRARVAAYKVC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器