Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000380`

染色体: Chr05 坐标: 2864962-2867075 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000380`
名称	SmilChr05G000380
描述	berberine bridge enzyme-like 15
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2864962 - 2867075 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985099`
GeneID	`130985099`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985099`
原始查询	`LOC130985099`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	berberine bridge enzyme-like 15
产物	berberine bridge enzyme-like 15
Arabidopsis	`AT2G34790` (MEE23) FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818044] identity=63.5; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0548100` - identity=47.5; qcov=0.888; evalue=4.41e-154; confidence=high
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01565 (FAD_binding_4); PF08031 (BBE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985099

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057763852.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057763852.1`
3	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057763852.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763852.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763852.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2865532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B68,C78
`Chr5:2865532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C78
`Chr5:2865549`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr5:2865613`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr5:2865616`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,B85
`Chr5:2865646`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B118,B2,C1,C45
`Chr5:2865704`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr5:2865706`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr5:2865718`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr5:2865790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr5:2865849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C78,C85,D5
`Chr5:2865882`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B3,B51,B64,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763852.1

543 aa

272

543

FAD_binding_4

BBE

PF01565 FAD_binding_4 79-218 aa PF08031 BBE 472-528 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763852.1`	Pfam	`PF01565`	FAD_binding_4	Domain	79	218	9.4e-26	90.9	FAD binding domain
`XP_057763852.1`	Pfam	`PF08031`	BBE	Domain	472	528	2.8e-22	79.1	Berberine and berberine like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907869.1
AATATTCACATCGAATTCAAACCTTTAAAGATTCAAAAAAGATGAACCCAAGAAAATCTAGAGTTGGTAAAATGAGTCCAAAAAGAATCAACTAACGTGCCATTTTGGCTACCTAAGAGGCAGCCTTAAAGCAACAAATGAGCAGCAATTAGAAGGCAAGAAACAAACCCCAAACCTCGTTGTCTCAAAACGTGGCCAAAAAAATATTGCAAATTGTGCTTCAATCCTCGGACACAAAATCACCCAACTCACACAATGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985099
ATGGGATCTCCAACCTCACTCATCCTCACACTAAACATAGCAATTATTCTTGCACTTTCTTTGTGTGCATCATCCCAAACCATCCAAGAGAAGTACTACCAATGCATCACCCTCAACTCCGAGCTCTCCATCCCCTTCTCCACGGCCTTCTCCGCCCCCGACAACGCCTCGTTCGCCACCATCCTCGAATCCTCCGCGCAGAACCTCCGATGCTTGGTCTCCTCCGTGCCCAAGCCGCAGCTCATCTTCACCCCCTACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763852.1
MGSPTSLILTLNIAIILALSLCASSQTIQEKYYQCITLNSELSIPFSTAFSAPDNASFATILESSAQNLRCLVSSVPKPQLIFTPYTENHVQVAVTCAKDLGLQLRVRSGGHDYEGLSYISTVPDEPFVVLDLSKLRSITVDLKNNCAWAQAGATVGELYYRISQKSKTHGFAAGLCPSLGIGGHITGGAYGTMMRKHGLGADNVIDARIVDANGVILDRESMGEDLFWALRGGGGASYGVILAWKVKLVPVPETVTVFT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器