Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000384`

染色体: Chr05 坐标: 2891822-2898165 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000384`
名称	SmilChr05G000384
描述	dihydroceramide fatty acyl 2-hydroxylase FAH1-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2891822 - 2898165 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985103`
GeneID	`130985103`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985103`
原始查询	`LOC130985103`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dihydroceramide fatty acyl 2-hydroxylase FAH1-like
产物	dihydroceramide fatty acyl 2-hydroxylase FAH1-like
Arabidopsis	`AT2G34770` (FAH1) fatty acid hydroxylase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818042] identity=59.4; qcov=0.992; evalue=2.95e-102; confidence=high
Rice	`Os03g0780800` (FAH2) - identity=62.5; qcov=0.97; evalue=1.32e-106; confidence=high
GO	GO:0005506 (iron ion binding); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006631 (fatty acid metabolic process); GO:0008610 (lipid biosynthetic process); GO:0016020 (membrane); GO:0080132 (fatty acid 2-hydroxylase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04116 (FA_hydroxylase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985103

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057763856.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057763856.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763856.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763856.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763856.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2892095`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr5:2892108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr5:2892123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C48
`Chr5:2892152`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr5:2892153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,B28,B48,B53,C60
`Chr5:2892162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,A4,B13,C82
`Chr5:2892331`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr5:2892380`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B33,C20,C53,C8
`Chr5:2892383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr5:2892393`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr5:2892403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,A4,B13,C82
`Chr5:2892415`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763857.1

236 aa

118

236

FA_hydroxylase

PF04116 FA_hydroxylase 88-226 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763857.1`	Pfam	`PF04116`	FA_hydroxylase	Domain	88	226	1.2e-16	62.0	Fatty acid hydroxylase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907873.1
CCAACAATAACCAATCTACTTTTCATTAATCTGATGTTGTTTCATGAACACAAACAACCCCAATAATTTTATTATTTTTGAAAAACAAGCAAAAGAAAAAGAAAAGGCCAATTTGTTCAGATTTGAAACATTGTTCTGGTGTGGGCACTGTGCTAAGGTGCCAAGATGGCCGATCAGACGTTTAAGGTGGATTTAACCAAACCACTCGTCTTTCAGGTCGGCCATCTTAGAGCATCTTACGACGAATGGGTTCACAAACC...

XM_057907874.1
CAACAATAACCAATCTACTTTTCATTAATCTGATGTTGTTTCATGAACACAAACAACCCCAATAATTTTATTATTTTTGAAAAACAAGCAAAAGAAAAAGAAAAGGCCAATTTGTTCAGATTTGAAACATTGTTCTGGTGTGGGCACTGTGCTAAGGTGCCAAGATGGCCGATCAGACGTTTAAGGTGGATTTAACCAAACCACTCGTCTTTCAGGTCGGCCATCTTAGAGCATCTTACGACGAATGGGTTCACAAACCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985103
ATGGCCGATCAGACGTTTAAGGTGGATTTAACCAAACCACTCGTCTTTCAGGTCGGCCATCTTAGAGCATCTTACGACGAATGGGTTCACAAACCTATTATCGGCAAAGACACCCCACGATTTTTTGAAAATGATTTCATGGAGCTCATGACGCGCACCGTCTGGTGGGTAATTCCTCTCGTCTGGCTACCCGTTGCATCCTTCTTCGCCTCCTCATCCGCAAGAGCCGGAATTCCTCCTTGCCATGTTGCAGCAGCAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057763856.1
MADQTFKVDLTKPLVFQVGHLRASYDEWVHKPIIGKDTPRFFENDFMELMTRTVWWVIPLVWLPVASFFASSSARAGIPPCHVAAAVVGGVFMWTLMEYCLHRFLFHMKTTTYWGNTLHYLLHGCHHKHPMDALRLVFPPAAAAILAVPLWSAFKLLTPAPYSPALFGGALLGYVVYDCTHYYLHHGKPFKGIAHELKCREITWTITSEFSTRDLESLPLCGIGCSELSLRESPRKLADYTTTRVHDLS

XP_057763857.1
MADQTFKVDLTKPLVFQVGHLRASYDEWVHKPIIGKDTPRFFENDFMELMTRTVWWVIPLVWLPVASFFASSSARAGIPPCHVAAAVVGGVFMWTLMEYCLHRFLFHMKTTTYWGNTLHYLLHGCHHKHPMDALRLVFPPAAAAILAVPLWSAFKLLTPAPYSPALFGGALLGYVVYDCTHYYLHHGKPFKGIAHELKRNHMDHHFRIQHKGFGITSTLWDRVFGTLAPRIAKKIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器