Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000388

染色体: Chr05 坐标: 2915053-2919147 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000388
名称SmilChr05G000388
描述protein POLLENLESS 3-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2915053 - 2919147 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985107
GeneID130985107
locus_tag-
NCBI NameLOC130985107
原始查询LOC130985107

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein POLLENLESS 3-like
产物protein POLLENLESS 3-like
ArabidopsisAT4G20900 (MS5)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827838]
identity=55.7; qcov=0.417; evalue=4.84e-102; confidence=low
RiceOs09g0538500
-
identity=57.1; qcov=0.347; evalue=4.1e-86; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF13181 (TPR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985107

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057763862.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057763862.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057763862.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057763862.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057763862.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2915222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B46,D4
Chr5:2915309 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B60,B85,C24,C72
Chr5:2915394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B46,D4
Chr5:2915482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr5:2915509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B111,C17,C19,C86
Chr5:2915523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B91
Chr5:2915530 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B7,D1,D7
Chr5:2915551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr5:2915589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,D2
Chr5:2915730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:2915837 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C71
Chr5:2915837 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 1 C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763862.1
671 aa
N
1
336
671
TPR_8
C
PF13181 TPR_8 188-218 aa
XP_057763863.1
671 aa
N
1
336
671
TPR_8
C
PF13181 TPR_8 188-218 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763862.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 188 218 1.8e-06 28.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057763863.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 188 218 1.8e-06 28.3 Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907880.1
TAAGCAGTGTCCTTCTACGGATCCCTCGCTGGCTCTACCTTCTGCAAGTAAGTTTTGTTTCATTATTGCCGTTTTCTAACTCTTGGGATGGCACGTCGTGTTTATGTCTAGACAGCAAAGGAACGCGCTTCAGAAACCTCTGCACTTGGTCCGTCAGTAGTGTTATTTTGGAATAGGTCGAAGAAGATGAGCTGTGAATGCATCAAGAATAGAAGCAAGAGCAGTGCAAAGATGTGTGAGTTGGGAGTGGTTTATGGACT...
XM_057907879.1
TAAGCAGTGTCCTTCTACGGATCCCTCGCTGGCTCTACCTTCTGCAAGTAAGTTTTGTTTCATTATTGCCGTTTTCTAACTCTTGGGATGGCACGTCGTGTTTATGTCTAGACAGCAAAGGAACGCGCTTCAGAAACCTCTGCACTTGGTCCGTCAGTAGTGTTATTTTGGAATAGGTCGAAGAAGATGAGCTGTGAATGCATCAAGAATAGAAGCAAGAGCAGTGCAAAGATGTGTGAGTTGGGAGTGGTTTATGGACT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985107
ATGTTGAGTAGCAGTTGCGTCGACAACTCTGGTCAGCCGAGAGGCTTCTTGACGCCGCCGCCGACATGGAAGACTCAGCGGCGGTCGCCGGTGATGCCGAGGTCGGAGACGAAGCCGCAACTACGTCAGGGAGACCTCTTTCACGTCGTTCACAAGATCCCTTCTGGCGACTCGCCTTATGTTAGAGCCAAACATGTTCAGCTTGTAGACAAGGATCCGAGCAGGGCGATTTCCCTGTTCTGGCAAGCGATAAATGCTGG...
LOC130985107
ATGTTGAGTAGCAGTTGCGTCGACAACTCTGGTCAGCCGAGAGGCTTCTTGACGCCGCCGCCGACATGGAAGACTCAGCGGCGGTCGCCGGTGATGCCGAGGTCGGAGACGAAGCCGCAACTACGTCAGGGAGACCTCTTTCACGTCGTTCACAAGATCCCTTCTGGCGACTCGCCTTATGTTAGAGCCAAACATGTTCAGCTTGTAGACAAGGATCCGAGCAGGGCGATTTCCCTGTTCTGGCAAGCGATAAATGCTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057763862.1
MLSSSCVDNSGQPRGFLTPPPTWKTQRRSPVMPRSETKPQLRQGDLFHVVHKIPSGDSPYVRAKHVQLVDKDPSRAISLFWQAINAGDRVDSALKDMAVVMKQLNRSDEAIEAIKSFRHLSPPDSQESLDNILVELYKQSGRMEEEIELLQYKLKQVEEGMAFSGRKTKTARSQGKKVQITVQKEYSRLLGNLAWAYMQQKDFKPAEENYRKALSFEADKNKQCNLAVCLMHMNKLTEAKFLLESIPSDSGAVDESYLKS...
XP_057763863.1
MLSSSCVDNSGQPRGFLTPPPTWKTQRRSPVMPRSETKPQLRQGDLFHVVHKIPSGDSPYVRAKHVQLVDKDPSRAISLFWQAINAGDRVDSALKDMAVVMKQLNRSDEAIEAIKSFRHLSPPDSQESLDNILVELYKQSGRMEEEIELLQYKLKQVEEGMAFSGRKTKTARSQGKKVQITVQKEYSRLLGNLAWAYMQQKDFKPAEENYRKALSFEADKNKQCNLAVCLMHMNKLTEAKFLLESIPSDSGAVDESYLKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器