Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000396

染色体: Chr05 坐标: 2980539-2987090 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000396
名称SmilChr05G000396
描述homeobox-leucine zipper protein ATHB-14
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向2980539 - 2987090 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985114
GeneID130985114
locus_tag-
NCBI NameLOC130985114
原始查询LOC130985114

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述homeobox-leucine zipper protein ATHB-14
产物homeobox-leucine zipper protein ATHB-14
ArabidopsisAT2G34710 (PHB)
Homeobox-leucine zipper family protein / lipid-binding START domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818036]
identity=78.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0640800 (OsHB4)
-
identity=78.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0008289 (lipid binding)
KEGG-
PfamPF00046 (Homeodomain); PF01852 (START); PF08670 (MEKHLA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985114

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057763876.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057763876.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057763876.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763876.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763876.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:2981655 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,A7,C53
Chr5:2981690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr5:2981720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr5:2983355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,B99,C16
Chr5:2983381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr5:2983525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,C17,C19,C86
Chr5:2983536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr5:2983725 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C30,C32,C68
Chr5:2984590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr5:2984928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr5:2985335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B33,C2
Chr5:2985345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,B61,C26,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763876.1
852 aa
N
1
426
852
Homeodomain
START
MEKHLA
C
PF00046 Homeodomain 25-83 aa PF01852 START 173-380 aa PF08670 MEKHLA 707-851 aa
XP_057763877.1
852 aa
N
1
426
852
Homeodomain
START
MEKHLA
C
PF00046 Homeodomain 25-83 aa PF01852 START 173-380 aa PF08670 MEKHLA 707-851 aa
XP_057763878.1
851 aa
N
1
426
851
Homeodomain
START
MEKHLA
C
PF00046 Homeodomain 25-83 aa PF01852 START 172-379 aa PF08670 MEKHLA 706-850 aa
XP_057763879.1
851 aa
N
1
426
851
Homeodomain
START
MEKHLA
C
PF00046 Homeodomain 25-83 aa PF01852 START 172-379 aa PF08670 MEKHLA 706-850 aa
XP_057763880.1
832 aa
N
1
416
832
Homeodomain
START
MEKHLA
C
PF00046 Homeodomain 5-63 aa PF01852 START 153-360 aa PF08670 MEKHLA 687-831 aa
XP_057763881.1
831 aa
N
1
416
831
Homeodomain
START
MEKHLA
C
PF00046 Homeodomain 5-63 aa PF01852 START 152-359 aa PF08670 MEKHLA 686-830 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763876.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 25 83 9.8e-16 58.0 Homeodomain
XP_057763876.1 Pfam PF01852 START Domain 173 380 4.7e-48 164.0 START domain
XP_057763876.1 Pfam PF08670 MEKHLA Domain 707 851 1.8e-45 155.0 MEKHLA domain
XP_057763877.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 25 83 9.8e-16 58.0 Homeodomain
XP_057763877.1 Pfam PF01852 START Domain 173 380 4.7e-48 164.0 START domain
XP_057763877.1 Pfam PF08670 MEKHLA Domain 707 851 1.8e-45 155.0 MEKHLA domain
XP_057763878.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 25 83 9.9e-16 58.0 Homeodomain
XP_057763878.1 Pfam PF01852 START Domain 172 379 3.4e-48 164.5 START domain
XP_057763878.1 Pfam PF08670 MEKHLA Domain 706 850 2e-45 154.9 MEKHLA domain
XP_057763879.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 25 83 9.9e-16 58.0 Homeodomain
XP_057763879.1 Pfam PF01852 START Domain 172 379 3.4e-48 164.5 START domain
XP_057763879.1 Pfam PF08670 MEKHLA Domain 706 850 2e-45 154.9 MEKHLA domain
XP_057763880.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 5 63 9.4e-16 58.1 Homeodomain
XP_057763880.1 Pfam PF01852 START Domain 153 360 4.5e-48 164.1 START domain
XP_057763880.1 Pfam PF08670 MEKHLA Domain 687 831 1.8e-45 155.1 MEKHLA domain
XP_057763881.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 5 63 9.5e-16 58.1 Homeodomain
XP_057763881.1 Pfam PF01852 START Domain 152 359 3.3e-48 164.5 START domain
XP_057763881.1 Pfam PF08670 MEKHLA Domain 686 830 1.9e-45 155.0 MEKHLA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907897.1
AGAGAGAATGGAGAGAGAGAGGTTGTGTTCACTTTATTTGAATTACTAATATTTTGCCCCAAGAGAGGAAGCTACAGGTTTAACAGCTACAAGCTCTATTTGTCTAAAAATGGGCCTGCCAGTCTGCTTCCAATAAAGGGATAGTAACAGCAGCGGTAGTAGCAAGCAGCAGCAGCAAATGGATGCGAGTAAGTATGTGAGGTACACGCCGGAGCAAGTTGATGCCCTCGAGAGGGTCTATGCTGAATGCCCGAAGCCTA...
XM_057907898.1
AGAGAGAATGGAGAGAGAGAGGTTGTGTTCACTTTATTTGAATTACTAATATTTTGCCCCAAGAGAGGAAGCTACAGGTTTAACAGCTACAAGCTCTATTTGTCTAAAAATGGGCCTGCCAGTCTGCTTCCAATAAAGGGATAGTAACAGCAGCGGTAGTAGCAAGCAGCAGCAGCAAATGGATGCGAGTAAGTATGTGAGGTACACGCCGGAGCAAGTTGATGCCCTCGAGAGGGTCTATGCTGAATGCCCGAAGCCTA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130985114
ATGGCGCTTTCTATGCACAGGGATAGTAACAGCAGCGGTAGTAGCAAGCAGCAGCAGCAAATGGATGCGAGTAAGTATGTGAGGTACACGCCGGAGCAAGTTGATGCCCTCGAGAGGGTCTATGCTGAATGCCCGAAGCCTAGCTCTTTGAGGAGGCAGCAGCTCATTAGGGAGTGCCCCATTCTTTCTAACATTGAACCTAAACAAATCAAAGTCTGGTTCCAGAACCGCAGATGCAGGGAGAAACAGAGGAAAGAAGC...
LOC130985114
ATGGCGCTTTCTATGCACAGGGATAGTAACAGCAGCGGTAGTAGCAAGCAGCAGCAGCAAATGGATGCGAGTAAGTATGTGAGGTACACGCCGGAGCAAGTTGATGCCCTCGAGAGGGTCTATGCTGAATGCCCGAAGCCTAGCTCTTTGAGGAGGCAGCAGCTCATTAGGGAGTGCCCCATTCTTTCTAACATTGAACCTAAACAAATCAAAGTCTGGTTCCAGAACCGCAGATGCAGGGAGAAACAGAGGAAAGAAGC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057763876.1
MALSMHRDSNSSGSSKQQQQMDASKYVRYTPEQVDALERVYAECPKPSSLRRQQLIRECPILSNIEPKQIKVWFQNRRCREKQRKEASRLQTVNRKLTAMNKLLMEENDRLQKQVSHLVYENGYMRQQLHTQVSSTTDTSCDSVVMSGQQQQQNPTPQHPQRDTNTPAGLLAIAEETLAEFLGKATGTAVDWVQMIGMKPGPDSIGIVAVSRNCSGVAARACGLVSLEPTKVAEILKDRLSWFRDCRCLDVASAIPTGNG...
XP_057763877.1
MALSMHRDSNSSGSSKQQQQMDASKYVRYTPEQVDALERVYAECPKPSSLRRQQLIRECPILSNIEPKQIKVWFQNRRCREKQRKEASRLQTVNRKLTAMNKLLMEENDRLQKQVSHLVYENGYMRQQLHTQVSSTTDTSCDSVVMSGQQQQQNPTPQHPQRDTNTPAGLLAIAEETLAEFLGKATGTAVDWVQMIGMKPGPDSIGIVAVSRNCSGVAARACGLVSLEPTKVAEILKDRLSWFRDCRCLDVASAIPTGNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器