Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000427`

染色体: Chr05 坐标: 3212662-3217670 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000427`
名称	SmilChr05G000427
描述	F-box protein SKIP19-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	3212662 - 3217670 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985146`
GeneID	`130985146`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985146`
原始查询	`LOC130985146`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein SKIP19-like
产物	F-box protein SKIP19-like
Arabidopsis	`AT4G05460` (AT4G05460) RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825896] identity=37.9; qcov=0.825; evalue=5.82e-63; confidence=medium
Rice	`Os02g0317300` (OsFbox086) - identity=30.8; qcov=0.708; evalue=1.47e-35; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985146

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057763932.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057763932.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763932.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763932.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057763932.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:3213007`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B99,C31,C76
`Chr5:3213008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B130,B14,B42,B43,C45
`Chr5:3213131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B47,C56
`Chr5:3213230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,C64,C66,D7
`Chr5:3213260`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B28,C25
`Chr5:3213392`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C87,D1
`Chr5:3213566`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C69,C9,D9
`Chr5:3213645`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B60
`Chr5:3213664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B60
`Chr5:3213675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B60,D11
`Chr5:3214817`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B3,C31,C76,C87
`Chr5:3214840`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763932.1

499 aa

250

499

F-box-like

PF12937 F-box-like 73-119 aa

XP_057763933.1

489 aa

244

489

F-box-like

PF12937 F-box-like 73-119 aa

XP_057763934.1

445 aa

222

445

F-box-like

PF12937 F-box-like 73-119 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763932.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	73	119	1.3e-05	25.6	F-box-like
`XP_057763933.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	73	119	1.2e-05	25.7	F-box-like
`XP_057763934.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	73	119	1.1e-05	25.8	F-box-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907949.1
GTACACTACCAAACACGGCCTTAAATACTTTGCCCCTAAATATTCACCCAAATAAACAAACCTTTTCAAAATCCTCTCCTTACCATTATTCTGCGTTTTCAATCGCCATGGGAAGGAGGAAAAGCAGAAACCTAAAACAGTGGGTTCCAAAGAAAACTCCGGCGCCGGCGCCAGCTGCTTCATCCTCGGCCCCTCCTCCGCCGTCGATCGAACTTGCCAGAGATGTAACGGCCAACAGGAAAAGCAGAATCCGAAAACAG...

XM_057907951.1
AATATTCACCCAAATAAACAAACCTTTTCAAAATCCTCTCCTTACCATTATTCTGCGTTTTCAATCGCCATGGGAAGGAGGAAAAGCAGAAACCTAAAACAGTGGGTTCCAAAGAAAACTCCGGCGCCGGCGCCAGCTGCTTCATCCTCGGCCCCTCCTCCGCCGTCGATCGAACTTGCCAGAGATGTAACGGCCAACAGGAAAAGCAGAATCCGAAAACAGTGGGTTCCAAAGAAAACTCCGGCGGCGGCGCCAGCTGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130985146
ATGGGAAGGAGGAAAAGCAGAAACCTAAAACAGTGGGTTCCAAAGAAAACTCCGGCGCCGGCGCCAGCTGCTTCATCCTCGGCCCCTCCTCCGCCGTCGATCGAACTTGCCAGAGATGTAACGGCCAACAGGAAAAGCAGAATCCGAAAACAGTGGGTTCCAAAGAAAACTCCGGCGGCGGCGCCAGCTGCTTCGTCCTCGCCCCCTTCGCCGCCGTGGATCGAACTTCCCGGAGATGTAACGGCCAACATTCTGCAGAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057763932.1
MGRRKSRNLKQWVPKKTPAPAPAASSSAPPPPSIELARDVTANRKSRIRKQWVPKKTPAAAPAASSSPPSPPWIELPGDVTANILQRLGAVGMLRSAQRVCSTWWKVCKDPAMWRVIVLHYPRMIDTYTAMSMCRPEVDWNQRQLVDLAIDPFGNDELLNYVADRYDEMSQMDFTAMCRRAVDQSVEQFVDLTIDSLGKGKLTIDSLGKGKLMNNVANRYRKISNEDYTAMCRHAVDRSQGQLVDLTIEYFGDGELINYI...

XP_057763933.1
MGRRKSRNLKQWVPKKTPAPAPAASSSAPPPPSIELARDVTANRKSRIRKQWVPKKTPAAAPAASSSPPSPPWIELPGDVTANILQRLGAVGMLRSAQRVCSTWWKVCKDPAMWRVIVLHYPRMIDTYTAMSMCRPEVDWNQRQLVDLAIDPFGNDELLNYVADRYDEMSQMDFTAMCRRAVDQSVEQFVDLTIDSLGKGKLMNNVANRYRKISNEDYTAMCRHAVDRSQGQLVDLTIEYFGDGELINYIADRSRNLKRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器