Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000449`

染色体: Chr05 坐标: 3405595-3409470 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000449`
名称	SmilChr05G000449
描述	solanesyl diphosphate synthase 3, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	3405595 - 3409470 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985168`
GeneID	`130985168`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985168`
原始查询	`LOC130985168`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	solanesyl diphosphate synthase 3, chloroplastic/mitochondrial
产物	solanesyl diphosphate synthase 3%2C chloroplastic/mitochondrial
Arabidopsis	`AT2G34630` (GPS1) geranyl diphosphate synthase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818028] identity=71.8; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0678200` (OsSPS1) - identity=71.2; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004659 (prenyltransferase activity); GO:0006744 (ubiquinone biosynthetic process); GO:0008299 (isoprenoid biosynthetic process); GO:1990234 (transferase complex)
KEGG	smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00348 (polyprenyl_synt)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985168

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057763968.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057763969.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763968.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763968.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763968.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:3405800`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr5:3405847`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:3405855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr5:3406561`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B1,C23,C60,C85
`Chr5:3406565`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B19,B44,B55,B72
`Chr5:3406780`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,C49
`Chr5:3407297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B35,B5,C42
`Chr5:3409114`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr5:3409136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr5:3409196`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763968.1

424 aa

212

424

polyprenyl_synt

PF00348 polyprenyl_synt 111-369 aa

XP_057763969.1

357 aa

178

357

polyprenyl_synt

PF00348 polyprenyl_synt 44-302 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763968.1`	Pfam	`PF00348`	polyprenyl_synt	Domain	111	369	3.7e-68	230.2	Polyprenyl synthetase
`XP_057763969.1`	Pfam	`PF00348`	polyprenyl_synt	Domain	44	302	2.5e-68	230.7	Polyprenyl synthetase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907985.1
CCGACTTCAAGCCCAATAATTTCATGGCTGCCATGGAAACACATAACTTACCTTAGATAGGTCATGGGTTTGGGGTTTGGGAGCAAGTAGCCGTCTGCCATTTCGCGTAATTTCTTGAGCAGAAATTAATGTCGGCTTATGATTTCTTCATCACCGATCACCGATCAATAAATTGCCCCTTCACCACTGTTCCGATCCAACATAATTGAAGGACCGTTGACCTAGTTGGAGATTCGGAGATGATTTCGGTGAGAGGGCTC...

XM_057907986.1
TTATTTATTCTTGGGTGTCAAATGCCATTAGTACGGTTGGGCAACAGGTTCACCTTCAGAGCAGCTCTGCAGTTGAGCTGGTCTAGATGCGCTCTATTGTGTGGCCAACCTTCTTAATTGTATGGCAGGAGCAACTAGACCCGTTTTCTCTTGTTGCTGATGAACTGTCGATTCTTGCGGATCGCTTGAGGTCTATGGTAGTTGCGGAGGTTCCCAAGCTTGCCTCTGCCGCGGAGTATTTTTTCAAATTTGGAGTTGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985168
ATGATTTCGGTGAGAGGGCTCGCCCGGTTGGCGAGGTCGGGCTACGCCCGTCGTCGATGGGTCTACTCGTCTTTGGGGTGTAGCGGCAGCGCGCCGTTGCAGCTCGAGCATTCCTCCCACTTTCGCAATCCTATTCAGTCTTCTCGAGAGGTTTTGGGTTGCAGAGTTATTTATTCTTGGGTGTCAAATGCCATTAGTACGGTTGGGCAACAGGTTCACCTTCAGAGCAGCTCTGCAGTTGAGGAGCAACTAGACCCGTT...

LOC130985168
ATGCGCTCTATTGTGTGGCCAACCTTCTTAATTGTATGGCAGGAGCAACTAGACCCGTTTTCTCTTGTTGCTGATGAACTGTCGATTCTTGCGGATCGCTTGAGGTCTATGGTAGTTGCGGAGGTTCCCAAGCTTGCCTCTGCCGCGGAGTATTTTTTCAAATTTGGAGTTGAAGGGAAAAGATTCAGACCCACTGTCCTTTTATTGATGGCAACAGCTCTAGACTTACCAATCGCAAGGCAAACATCTGAGGTTGCAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057763968.1
MISVRGLARLARSGYARRRWVYSSLGCSGSAPLQLEHSSHFRNPIQSSREVLGCRVIYSWVSNAISTVGQQVHLQSSSAVEEQLDPFSLVADELSILADRLRSMVVAEVPKLASAAEYFFKFGVEGKRFRPTVLLLMATALDLPIARQTSEVAVNTLSTELRTRQQCVAEITEMIHVASLLHDDVLDDADTRRGIGSLNYVMGNKLAVLAGDFLLSRACVALASLKNTEVVTLIAQVVEHLVTGETMQMTTTSEQRCSME...

XP_057763969.1
MRSIVWPTFLIVWQEQLDPFSLVADELSILADRLRSMVVAEVPKLASAAEYFFKFGVEGKRFRPTVLLLMATALDLPIARQTSEVAVNTLSTELRTRQQCVAEITEMIHVASLLHDDVLDDADTRRGIGSLNYVMGNKLAVLAGDFLLSRACVALASLKNTEVVTLIAQVVEHLVTGETMQMTTTSEQRCSMEYYMEKTYYKTASLICNSCKSIALIAGQTAEVSNLAYEYGKNLGLAFQIIDDVLDFTGTSASLGKGSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器