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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000462

染色体: Chr05 坐标: 3491922-3498262 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000462
名称SmilChr05G000462
描述KH domain-containing protein At4g18375-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向3491922 - 3498262 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985183
GeneID130985183
locus_tag-
NCBI NameLOC130985183
原始查询LOC130985183

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述KH domain-containing protein At4g18375-like
产物KH domain-containing protein At4g18375-like
ArabidopsisAT5G46190 (AT5G46190)
RNA-binding KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834661]
identity=58.6; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0495000 (OSJNBa0041P03.3)
-
identity=37.2; qcov=0.762; evalue=9.35e-77; confidence=medium
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010468 (regulation of gene expression)
KEGG-
PfamPF00013 (KH_1); PF07650 (KH_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985183

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057763989.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763989.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763989.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057763989.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057763989.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:3494531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:3495458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B80,C12,C35,C7
Chr5:3496482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr5:3496569 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:3496848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr5:3496849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr5:3497107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763989.1
627 aa
N
1
314
627
KH_1
KH_1
KH_1
KH_2
KH_1
KH_1
C
PF00013 KH_1 41-90 aa PF00013 KH_1 146-216 aa PF00013 KH_1 313-363 aa PF07650 KH_2 316-351 aa PF00013 KH_1 394-460 aa PF00013 KH_1 559-621 aa
XP_057763991.1
627 aa
N
1
314
627
KH_1
KH_1
KH_1
KH_2
KH_1
KH_1
C
PF00013 KH_1 41-90 aa PF00013 KH_1 146-216 aa PF00013 KH_1 313-363 aa PF07650 KH_2 316-351 aa PF00013 KH_1 394-460 aa PF00013 KH_1 559-621 aa
XP_057763992.1
627 aa
N
1
314
627
KH_1
KH_1
KH_1
KH_2
KH_1
KH_1
C
PF00013 KH_1 41-90 aa PF00013 KH_1 146-216 aa PF00013 KH_1 313-363 aa PF07650 KH_2 316-351 aa PF00013 KH_1 394-460 aa PF00013 KH_1 559-621 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763989.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 41 90 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763989.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 146 216 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763989.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 313 363 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763989.1 Pfam PF07650 KH_2 Domain 316 351 1e-23 83.7 KH domain
XP_057763989.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 394 460 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763989.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 559 621 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763991.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 41 90 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763991.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 146 216 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763991.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 313 363 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763991.1 Pfam PF07650 KH_2 Domain 316 351 1e-23 83.7 KH domain
XP_057763991.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 394 460 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763991.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 559 621 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763992.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 41 90 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763992.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 146 216 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763992.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 313 363 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763992.1 Pfam PF07650 KH_2 Domain 316 351 1e-23 83.7 KH domain
XP_057763992.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 394 460 2.4e-72 239.3 KH domain
XP_057763992.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 559 621 2.4e-72 239.3 KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908006.1
ATACAAAACAGTTTGTTTGTAACAAAAAATTTAGATGACAGATTGGCCCTACAAAATTTTGATGAGCTACGAAAATTAGAGACTTTTTTGAGGCGAAGCAGCCCCACCCACAACGTCACCGTTTCCGCCACTTTTGTGATCTCTTCATCGCTCTGGCGACTCCACTATAGTGCCTGATATGCTGTAATTTGTAAGCCCAACCAGGCTTGTCTTCAGTGCAATGGGTGAAAGTGGGAAGCGTCCTCGTTCATATCGAGATG...
XM_057908008.1
AGTTTGTTTGTAACAAAAAATTTAGATGACAGATTGGCCCTACAAAATTTTGATGAGCTACGAAAATTAGAGACTTTTTTGAGGCGAAGCAGCCCCACCCACAACGTCACCGTTTCCGCCACTTTTGTGATCTCTTCATCGCTCTGGCGACTCCACTATAGTGCCTGATATGCTGTAATTTGTAAGCCCAACCAGCGGTTGGAGTATTGCAGGCTTGTCTTCAGTGCAATGGGTGAAAGTGGGAAGCGTCCTCGTTCATA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130985183
ATGGGTGAAAGTGGGAAGCGTCCTCGTTCATATCGAGATGATGCAGACAGCAAGAACCAGAGGAGGAGAACTGATAGGGAAAGAGAGAGGGATGAAAAGGGAAATGATGAAGTAGTAGTGTACAGGATTCTGTGTCCCGATAGTGTTATTGGGAGTGTGATTGGAAAGAATGGAAAAGTGATAAATTCCATCAGGCAAGACTCAAGAGCAAAGGTAAAAGTGGTGGACCCATTTCCAGGTGCTAAAGACAGAGTTATTAT...
LOC130985183
ATGGGTGAAAGTGGGAAGCGTCCTCGTTCATATCGAGATGATGCAGACAGCAAGAACCAGAGGAGGAGAACTGATAGGGAAAGAGAGAGGGATGAAAAGGGAAATGATGAAGTAGTAGTGTACAGGATTCTGTGTCCCGATAGTGTTATTGGGAGTGTGATTGGAAAGAATGGAAAAGTGATAAATTCCATCAGGCAAGACTCAAGAGCAAAGGTAAAAGTGGTGGACCCATTTCCAGGTGCTAAAGACAGAGTTATTAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057763989.1
MGESGKRPRSYRDDADSKNQRRRTDRERERDEKGNDEVVVYRILCPDSVIGSVIGKNGKVINSIRQDSRAKVKVVDPFPGAKDRVIIIYCYVREKEEVEVDDEFNDNQPLCPAQDALLKVHAAIANALAVLGESDRKRKDREREECQLLVPSSQSANIIGKSGATIKKLRNKTRTSIKVTAKDAGDPSHSCALEFDNFVMISGESEAVKKALFAISAIMYKFTAKENIPLDTSVPEAPPSIIIPSDVPMYPAPGLYPNVE...
XP_057763991.1
MGESGKRPRSYRDDADSKNQRRRTDRERERDEKGNDEVVVYRILCPDSVIGSVIGKNGKVINSIRQDSRAKVKVVDPFPGAKDRVIIIYCYVREKEEVEVDDEFNDNQPLCPAQDALLKVHAAIANALAVLGESDRKRKDREREECQLLVPSSQSANIIGKSGATIKKLRNKTRTSIKVTAKDAGDPSHSCALEFDNFVMISGESEAVKKALFAISAIMYKFTAKENIPLDTSVPEAPPSIIIPSDVPMYPAPGLYPNVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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