Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000474`

染色体: Chr05 坐标: 3615430-3618137 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000474`
名称	SmilChr05G000474
描述	uncharacterized SmilChr05G000474
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	3615430 - 3618137 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985197`
GeneID	`130985197`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985197`
原始查询	`LOC130985197`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985197

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764011.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057764011.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057764011.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764011.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764011.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:3615653`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B95
`Chr5:3615681`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B140,C78
`Chr5:3615694`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B77,C1,C48,C86,D5
`Chr5:3617593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B41,C38
`Chr5:3617692`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,B88
`Chr5:3617738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B40,C57,C7,C74
`Chr5:3617744`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr5:3617768`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B35,B37,B50
`Chr5:3617786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,B88
`Chr5:3617793`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,B88
`Chr5:3617833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,C6,C71
`Chr5:3617850`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B2,B56,B96,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908028.1
CTCTCTCTCTCCTCTCTTCACTCTCAAATCACGCCGCCCTCCTTAGGGGTGAAAACCCTAACTCTGATTCTTCCCTCCGCCGTCCTTCTCCGATCTTAAGTCCGCCGTGATGCAGCCTTCCTTCGGTTGGAAGGAATACCTGAGCGACGAAGTTATTCCCGACACCGAAGACGATCGCTAGTTGTGGGGTGATCCGCCGCCGGTGTATTTTCCCTTCTCCATGTCGGAGACGTTGCCGACGTCGCCCGAGGAGTGTGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985197
ATGTCGGAGACGTTGCCGACGTCGCCCGAGGAGTGTGGTGGTGGCGCGTCAGAGAGCGAGGAGCTTCGAGAGTATGTGGTAGATCGGAGTCCGACTCCTTCGTTCCGACCTCCGATTATCGAACGCCCTTGCCCCGCAAGGATGAAAAAGTATGTTTCTCCCCCTTCACCTCTGTGTTCGACTAATTCCTCTGAAATTGAGAAAGATATTGACCTTCTCTATTATGAATCTTGGGGAAATGAATTTCTGAGCGAGCAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764011.1
MSETLPTSPEECGGGASESEELREYVVDRSPTPSFRPPIIERPCPARMKKYVSPPSPLCSTNSSEIEKDIDLLYYESWGNEFLSEQNPRFGAKSDQSKVLELKYEESNEWWHTASEAHLKLLAIFCPMMFRTICEKWSAGRHETSLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器