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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000501

染色体: Chr05 坐标: 3910544-3914214 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000501
名称SmilChr05G000501
描述phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase homolog
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向3910544 - 3914214 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985252
GeneID130985252
locus_tag-
NCBI NameLOC130985252
原始查询LOC130985252

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase homolog
产物phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase homolog
ArabidopsisAT4G18270 (TRANS11)
translocase 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827553]
identity=54.3; qcov=1; evalue=3.21e-132; confidence=high
Rice-
-
GOGO:0008963 (phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity); GO:0016020 (membrane); GO:0044038 (cell wall macromolecule biosynthetic process); GO:0071555 (cell wall organization)
KEGGsmil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00953 (Glycos_transf_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985252

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057764099.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057764099.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057764102.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057764102.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764102.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:3910672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B1,C11,C69
Chr5:3910715 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 6 B122,B136,B52,C18,C49,C83
Chr5:3910721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr5:3910791 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B140,B68,B70,B72
Chr5:3910792 C CT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 1 B49
Chr5:3910792 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B49
Chr5:3910919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr5:3911028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr5:3911152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C16
Chr5:3911153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C16
Chr5:3911180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:3911196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B91,C61,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764099.1
572 aa
N
1
286
572
Glycos_transf_4
C
PF00953 Glycos_transf_4 321-486 aa
XP_057764100.1
556 aa
N
1
278
556
Glycos_transf_4
C
PF00953 Glycos_transf_4 321-437 aa
XP_057764101.1
495 aa
N
1
248
495
Glycos_transf_4
C
PF00953 Glycos_transf_4 260-376 aa
XP_057764102.1
442 aa
N
1
221
442
Glycos_transf_4
C
PF00953 Glycos_transf_4 191-356 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764099.1 Pfam PF00953 Glycos_transf_4 Family 321 486 1.6e-24 87.4 Glycosyl transferase family 4
XP_057764100.1 Pfam PF00953 Glycos_transf_4 Family 321 437 3.6e-12 47.3 Glycosyl transferase family 4
XP_057764101.1 Pfam PF00953 Glycos_transf_4 Family 260 376 3.1e-12 47.5 Glycosyl transferase family 4
XP_057764102.1 Pfam PF00953 Glycos_transf_4 Family 191 356 8.6e-25 88.3 Glycosyl transferase family 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908118.1
TTTATATTTGTCATCTGATAAATATTTGGGGCCATGATAATGTATGTGTACACCAAAAAATATAGATTTTTTTTTTAAAAAAAACTAGTAATTAAATAATAAATAAATAAAAATGCGTGGATCATTTCCGCTTGTGTTTAACCTGTCCACTGCGCTGAAGAGGCACCTGCGACTCCGCGAGTGCGACTGCGATGTGCGATCTGCAATCGTCGTTCACGCGCTCGGTAGGCGCGTCCGACCCTCTCGCCCTAAAGAGCAGC...
XM_057908117.1
AATAAATAAATAAAAATGCGTGGATCATTTCCGCTTGTGTTTAACCTGTCCACTGCGCTGAAGAGGCACCTGCGACTCCGCGAGTGCGACTGCGATGTGCGATCTGCAATCGTCGTTCACGCGCTCGGTAGGCGCGTCCGACCCTCTCGCCCTAAAGAGCAGCTCTTCGGAGATTTCAAAGCTGCGGTGTGGGGAGTCATGCAATTGCAATCTCATGCTGTATGCGCCTCAAACAGTAGGAATCTCAGTCATGTAGGGTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130985252
ATGCGTGGATCATTTCCGCTTGTGTTTAACCTGTCCACTGCGCTGAAGAGGCACCTGCGACTCCGCGAGTGCGACTGCGATGTGCGATCTGCAATCGTCGTTCACGCGCTCGGTAGGCGCGTCCGACCCTCTCGCCCTAAAGAGCAGCTCTTCGGAGATTTCAAAGCTGCGGTGTGGGGAGTCATGCAATTGCAATCTCATGCTGTATGCGCCTCAAACAGTAGGAATCTCAGTCATGTAGGGTTTCTCGCGGGTTGCTG...
LOC130985252
ATGCGTGGATCATTTCCGCTTGTGTTTAACCTGTCCACTGCGCTGAAGAGGCACCTGCGACTCCGCGAGTGCGACTGCGATGTGCGATCTGCAATCGTCGTTCACGCGCTCGGTAGGCGCGTCCGACCCTCTCGCCCTAAAGAGCAGCTCTTCGGAGATTTCAAAGCTGCGGTGTGGGGAGTCATGCAATTGCAATCTCATGCTGTATGCGCCTCAAACAGTAGGAATCTCAGTCATGTAGGGTTTCTCGCGGGTTGCTG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057764099.1
MRGSFPLVFNLSTALKRHLRLRECDCDVRSAIVVHALGRRVRPSRPKEQLFGDFKAAVWGVMQLQSHAVCASNSRNLSHVGFLAGCCCLRLPPSRVSSESASGYVEHKLFESRVPSHGFRAPRRALRVCAMDDDFGASFGDWGNDDRPVEYMYSSSEGDDSDGDLFLQPITDVDLPTSKERLLPSDDSITVTAHRLATLGNTRRRRKTVYGIWNNVGLMSFSTFLLLLVDQCAWRIVRLPLAPFYLMRPFLISAILVSCV...
XP_057764100.1
MRGSFPLVFNLSTALKRHLRLRECDCDVRSAIVVHALGRRVRPSRPKEQLFGDFKAAVWGVMQLQSHAVCASNSRNLSHVGFLAGCCCLRLPPSRVSSESASGYVEHKLFESRVPSHGFRAPRRALRVCAMDDDFGASFGDWGNDDRPVEYMYSSSEGDDSDGDLFLQPITDVDLPTSKERLLPSDDSITVTAHRLATLGNTRRRRKTVYGIWNNVGLMSFSTFLLLLVDQCAWRIVRLPLAPFYLMRPFLISAILVSCV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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