Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000579

染色体: Chr05 坐标: 4353688-4357366 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000579
名称SmilChr05G000579
描述GDSL esterase/lipase At5g45670-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4353688 - 4357366 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985281
GeneID130985281
locus_tag-
NCBI NameLOC130985281
原始查询LOC130985281

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At5g45670-like
产物GDSL esterase/lipase At5g45670-like
ArabidopsisAT5G45670 (AT5G45670)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834606]
identity=47.2; qcov=0.554; evalue=4.66e-47; confidence=medium
RiceOs05g0518300 (OsGELP73)
-
identity=44.3; qcov=0.551; evalue=3.75e-39; confidence=medium
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985281

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057764167.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764167.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764167.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764167.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764167.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4353796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B16
Chr5:4353802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr5:4353803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr5:4353839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B131,C1,C18,C44
Chr5:4355375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C2,C82
Chr5:4355552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:4356775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B19,B84,C54,D2
Chr5:4356808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:4356819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr5:4356975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B19,C54,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764167.1
366 aa
N
1
183
366
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 42-345 aa
XP_057764168.1
287 aa
N
1
144
287
Lipase_GDSL
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 42-127 aa PF00657 Lipase_GDSL 139-266 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764167.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 42 345 7.2e-32 111.9 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
XP_057764168.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 42 127 7.9e-20 72.6 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
XP_057764168.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 139 266 7.9e-20 72.6 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908184.1
TATAAACAGCGAGTCGCGTCTCCTCCAAATTAAACTGCAGGCAGATGACGAGAACTAATGATCAGCTGATGAAGAAATGGATGGCGACGATGAGCTTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGTAGTCCTACACAACGCGGCAGTTGCGGCGGCGAAGCCGCAAGTGCCGTGTCTCTTCCTGTTTGGGGACTCGCTGATCGACCCCGGTAACAACAACGGCAGGAATACGATTGCGCAGGTTGAATTCAAGCCCTACGGCATCGAT...
XM_057908185.1
TATAAACAGCGAGTCGCGTCTCCTCCAAATTAAACTGCAGGCAGATGACGAGAACTAATGATCAGCTGATGAAGAAATGGATGGCGACGATGAGCTTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGTAGTCCTACACAACGCGGCAGTTGCGGCGGCGAAGCCGCAAGTGCCGTGTCTCTTCCTGTTTGGGGACTCGCTGATCGACCCCGGTAACAACAACGGCAGGAATACGATTGCGCAGGTTGAATTCAAGCCCTACGGCATCGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985281
ATGACGAGAACTAATGATCAGCTGATGAAGAAATGGATGGCGACGATGAGCTTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGTAGTCCTACACAACGCGGCAGTTGCGGCGGCGAAGCCGCAAGTGCCGTGTCTCTTCCTGTTTGGGGACTCGCTGATCGACCCCGGTAACAACAACGGCAGGAATACGATTGCGCAGGTTGAATTCAAGCCCTACGGCATCGATTTTCTGTTGGGGCCCACGGGGAGATTCTCCAACGGCAAAACCAT...
LOC130985281
ATGACGAGAACTAATGATCAGCTGATGAAGAAATGGATGGCGACGATGAGCTTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGTAGTCCTACACAACGCGGCAGTTGCGGCGGCGAAGCCGCAAGTGCCGTGTCTCTTCCTGTTTGGGGACTCGCTGATCGACCCCGGTAACAACAACGGCAGGAATACGATTGCGCAGGTTGAATTCAAGCCCTACGGCATCGATTTTCTGTTGGGGCCCACGGGGAGATTCTCCAACGGCAAAACCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057764167.1
MTRTNDQLMKKWMATMSLVAAAAAVVLHNAAVAAAKPQVPCLFLFGDSLIDPGNNNGRNTIAQVEFKPYGIDFLLGPTGRFSNGKTIADIVAELLGFEEYIPSFLEARGQQILRGVNYASAASGIRPETGYNWGERITFDEQLDNFKITMTQLENMVRDVPSYLNKCIFLCELGNNDFLNNYFQPTFYNTSKLYTLENYTSIVIQRYSEQLQILYNFGARKLALVGAAPLGCIPFTLAISSTDGRCVEATNRASLMFNEQ...
XP_057764168.1
MTRTNDQLMKKWMATMSLVAAAAAVVLHNAAVAAAKPQVPCLFLFGDSLIDPGNNNGRNTIAQVEFKPYGIDFLLGPTGRFSNGKTIADIVAELLGFEEYIPSFLEARGQQILRGVNYASAASGIRPETGYNWILYNFGARKLALVGAAPLGCIPFTLAISSTDGRCVEATNRASLMFNEQLKAKIDVFNADFPEATFTYIDGYNPINDVLTNPAAYGFQVNNKACCGLSSVICLPNDVVCSNRSEYVYWDFAHPSETTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器