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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000532

染色体: Chr05 坐标: 4072232-4073529 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000532
名称SmilChr05G000532
描述purine permease 21-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4072232 - 4073529 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985290
GeneID130985290
locus_tag-
NCBI NameLOC130985290
原始查询LOC130985290

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述purine permease 21-like
产物purine permease 21-like
ArabidopsisAT4G18220 (AT4G18220)
Drug/metabolite transporter superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827548]
identity=43.8; qcov=0.972; evalue=4.97e-102; confidence=medium
RiceOs02g0689200 (OsPUP11)
-
identity=38.7; qcov=0.994; evalue=4.51e-81; confidence=medium
GOGO:0015211 (purine nucleoside transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF16913 (PUNUT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985290

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057764176.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057764176.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057764176.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057764176.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764176.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4072277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A8,B51,C35,D5
Chr5:4072287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B100,B14,B37,C74
Chr5:4072402 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B123
Chr5:4072402 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B123
Chr5:4072413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:4072463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B89
Chr5:4072523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:4072548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B136,C11
Chr5:4072566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C21,C6
Chr5:4072575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr5:4072652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr5:4072679 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764176.1
359 aa
N
1
180
359
PUNUT
C
PF16913 PUNUT 34-347 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764176.1 Pfam PF16913 PUNUT Family 34 347 1.8e-92 310.8 Purine nucleobase transmembrane transport

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908193.1
AACATTGGCTTTCCAAATATTCACCTTCGTTTCAAATACATGAATTCTCTTTATATCAATCGAAACAAAACCAAAATCGATTAGATGTAGATATATTCGACCATGATGCATTTTAGCATAGCAAACATCGTACACTACCTGTTTTCCCAATGCCAAAAATCCTATACAAAACACAAACTATTCTTGATTTCTTCTCTTGTTCATGGATCCTCCGATTCAAGAAACGATCTCAAACTCCACAAATAATGCCAATCCAAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985290
ATGGATCCTCCGATTCAAGAAACGATCTCAAACTCCACAAATAATGCCAATCCAAACAGAAGCAAGACGCTGCAATACAGAAAATGGTCGGAAACGGCGGTATATTCAGTCCTCGTCCTCTCCGGCCAATCGGCGGCGGCGCTTCTCGGCAGATTATACTACGAAAAAGGCGGGAAATCCAAATACATGGCGGCGCTGGTGCAGACCGCCGGATTCCCGCTCCTTCTCCCTTTCATCATCCTCATCAAATCAAGAGACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764176.1
MDPPIQETISNSTNNANPNRSKTLQYRKWSETAVYSVLVLSGQSAAALLGRLYYEKGGKSKYMAALVQTAGFPLLLPFIILIKSRDKQTDYSNSTTSDHSLALPALYACFGTFLAFICMLYSIGLMYLPLSTFSLICATQLGFNALFSHLINAQRLSPPLLNSVFLLTLSSVLLALRPGGAPAAAAGGRYAAGFACTLGGAAGYALLQSLEQRAYGKLLRRQRMKEILDVIFYESMAASFALALGLFGSGEWRGLKGEIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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