Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000528`

染色体: Chr05 坐标: 4041467-4044586 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000528`
名称	SmilChr05G000528
描述	uncharacterized SmilChr05G000528
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	4041467 - 4044586 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985291`
GeneID	`130985291`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985291`
原始查询	`LOC130985291`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831607]; symbol=AT5G17410; hit=AT5G17410; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831607]; symbol=AT5G17410; hit=AT5G17410; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G17410` (AT5G17410) Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831607] identity=46.3; qcov=0.187; evalue=1.78e-10; confidence=weak
Rice	`Os04g0501700` - identity=38.8; qcov=0.187; evalue=1.48e-06; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985291

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057764177.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057764177.1`
3	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057764177.1`
4	Mitochondrion intermembrane space	Mitochondrion intermembrane space	0.20000	`XP_057764177.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764177.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:4043279`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C43
`Chr5:4044114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr5:4044131`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C29
`Chr5:4044131`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C29
`Chr5:4044165`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908194.1
AGTCATTCCTTTATTTCTTTTACATCATTTCTCTTCTCTACAATTTCTTCTCTGCAATTTATTTTCTTTCTACAACAAGGATAATGAGAGCGATACATCTGAAGTGAAGTTGGTAGAGATAGCCGCCGGCTAACTGGTATGCTAATGCGTCACATACCTGCTTTCACGAGAGTTGCACTTTCAGTTTCAAGCGGGAAATTTGAAAAGCCAATGTTGGGGTCAATGCAAGATTTATCCACAATGATGAAGCACACTTTAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985291
ATGCTAATGCGTCACATACCTGCTTTCACGAGAGTTGCACTTTCAGTTTCAAGCGGGAAATTTGAAAAGCCAATGTTGGGGTCAATGCAAGATTTATCCACAATGATGAAGCACACTTTAGCAAGTGATTTTATTGGTTCTCAAGTTCTTAACCTCGTACAAAGTCAGGCCATGGCCATAGCTAGTGACCACATAGCGCGATCTTCGTTGGAAAGTATGTCCCAAAATGCAGGCCAAACGTCCCTTGGAATCTTAGAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764177.1
MLMRHIPAFTRVALSVSSGKFEKPMLGSMQDLSTMMKHTLASDFIGSQVLNLVQSQAMAIASDHIARSSLESMSQNAGQTSLGILERRENMNCDIFEEVRMDEYYKDIGPKRFTFSVRWPFTMRGAKIEELKETMYTHGLWPTPRLILTYEQLKNDHDKLFDEPNFNKMFDKYKEEVLEVWPDLKNPTCLMAAKRLIIKGWNWHGKPAGIKSTMYLYYGLALRNAIPDNFGIPVGVPMTLKDASKYAKNVMMELKIFGKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器