Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000503

染色体: Chr05 坐标: 3917749-3920912 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000503
名称SmilChr05G000503
描述uncharacterized SmilChr05G000503
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向3917749 - 3920912 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985297
GeneID130985297
locus_tag-
NCBI NameLOC130985297
原始查询LOC130985297

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832799]; symbol=AT5G27400; hit=AT5G27400; species=arabidopsis; confidence=high
产物S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832799]; symbol=AT5G27400; hit=AT5G27400; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G27400 (AT5G27400)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832799]
identity=51.4; qcov=1.07; evalue=3.31e-118; confidence=high
RiceOs03g0243800
-
identity=26.5; qcov=0.383; evalue=1.08e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF10294 (Methyltransf_16)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985297

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764184.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057764184.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057764184.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764184.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764184.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:3917860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B139,C15,C9
Chr5:3917903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:3917910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:3918059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr5:3918068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr5:3918070 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 62 A13,A15,A18,A19,A21,A23,A24,B104,B107,B110,B112,B115,B125,B126,B132,B138,B15,B2,B23,B31,B42,B46,B47,B5,B55,B59,B60,B63,B64,B65,B66,B7,B76,B8,B80,B83,B86,B93,B95,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C39,C44,C45,C47,C52,C54,C56,C57,C61,C68,C7,C71,C72,C74,C77,C86,D7
Chr5:3918086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr5:3918163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B68,C10
Chr5:3918280 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 3 C64,C66,D1
Chr5:3918280 T TC 1bp_insertion CDS_variant 3 C64,C66,D1
Chr5:3918371 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B12,C38,C61
Chr5:3918408 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764184.1
345 aa
N
1
172
345
Methyltransf_16
C
PF10294 Methyltransf_16 137-279 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764184.1 Pfam PF10294 Methyltransf_16 Family 137 279 3.1e-19 70.1 Lysine methyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908201.1
GACATTGGTCGTGGTAATTAATTACTACTACAACACTTTACGAAAAAAAAAGGGGGAAACACTCTGACAGATTTTGGAGATGGCGGCGGACGAAGAGCTCGGCGTCTCCGACCGGCCGTGCCTTCACATGATCTCCGCCTTTCTGGCGTTGGAACCTCCCGGTATCGTAATCTCCTTCGCCAGAGAATTTGGCGGCGGTTCCCTCACCGAGAGTGTACAGAGTTGCATTTGGCGCCGATGCATCAGTAAAGCAGATTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985297
ATGGCGGCGGACGAAGAGCTCGGCGTCTCCGACCGGCCGTGCCTTCACATGATCTCCGCCTTTCTGGCGTTGGAACCTCCCGGTATCGTAATCTCCTTCGCCAGAGAATTTGGCGGCGGTTCCCTCACCGAGAGTGTACAGAGTTGCATTTGGCGCCGATGCATCAGTAAAGCAGATTTGAAGTTGCAGGGGCCTTTCCTGAAGAGATTCCTGAAGAAATTAATCATAGAAATCGAATTGAGTGGGGGAATAGTGCTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764184.1
MAADEELGVSDRPCLHMISAFLALEPPGIVISFAREFGGGSLTESVQSCIWRRCISKADLKLQGPFLKRFLKKLIIEIELSGGIVLDELYEYYASCLVPLKDDGANVGNSKLLKTISFIFPNESRELEVRLRSSVNMLEGDTGCSVWPSSLFMSEFILSFPELFANKCCFEVGSGVGLVGICLSYVKASKVILTDGDLSTLANMKVNLELNHLTTGDHTSGSRLHDTKVQCICLPWESASEDDLHCFAPDVILGADVIYD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器