Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002631`

染色体: Chr01 坐标: 44609104-44611132 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002631`
名称	SmilChr01G002631
描述	heat stress transcription factor B-2b
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	44609104 - 44611132 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985299`
GeneID	`130985299`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985299`
原始查询	`LOC130985299`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	heat stress transcription factor B-2b
产物	heat stress transcription factor B-2b
Arabidopsis	`AT4G11660` (AT-HSFB2B) winged-helix DNA-binding transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826771] identity=56.8; qcov=0.966; evalue=2.13e-90; confidence=high
Rice	`Os08g0546800` (HSFB2B) - identity=49.7; qcov=1.1; evalue=1.38e-87; confidence=high
GO	GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG	-
Pfam	PF00447 (HSF_DNA-bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985299

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764190.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764190.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764190.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764190.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057764190.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:44609477`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B61,B65
`Chr1:44609509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr1:44609742`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B30
`Chr1:44609742`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B30
`Chr1:44609855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr1:44609883`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B124,C78
`Chr1:44609883`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B124,C78
`Chr1:44610297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr1:44610403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764190.1

290 aa

145

290

HSF_DNA-bind

PF00447 HSF_DNA-bind 26-115 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764190.1`	Pfam	`PF00447`	HSF_DNA-bind	Domain	26	115	3.2e-31	108.5	HSF-type DNA-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908207.1
CTAATTTACTCATTTTTAATTTTAATTTTTAATTCTTTCTTTCCACAACCTTCTCCCATTGCGAACTTTCTAGAAAAAGCCTCCACCGCCCCGGTACTCGCACCTCTAGTGTGTGTGGTTCTGCGTGTTCTCCAGATTTCATCAGCTGCTGTTGATTATCCTAGCCTACCATCGCTATTCCGAAATACTGAAACAAATTCTTGCTTTTAATCAGTGATTGAAGCTGCGCTCGATAGATCTCCCATTGGAGTCAAGGGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985299
ATGAGCGGCGACGGCCCGGGCGGCGCCAGCGGGGGGAGCGGCGGAGGAGAGTCGCAGAGGTCGGTTCCGACACCGTTTCTGACGAAAACATACCAGCTGGTTGATGATCCGAGTATCGACGATTTGATCTCGTGGAATGAAGACGGAACAACGTTCATCGTATGGCGGCCAGCTGAATTTGCGAGAGATTTGTTGCCGAAATATTTCAAACACAATAATTTCTCCAGTTTTGTTCGTCAGCTCAATACTTACGGATTTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764190.1
MSGDGPGGASGGSGGGESQRSVPTPFLTKTYQLVDDPSIDDLISWNEDGTTFIVWRPAEFARDLLPKYFKHNNFSSFVRQLNTYGFRKVVPDRWEFANDCFKRGEKVLLRDIQRRKISTGINAAAAPAAVAIQMSPANSGDEQVLSSNSSPAAATPPPLRACTSTPEILEENDRLRRENSQLSQELNRLRSLCSNIYNLMSSYATNPGEALVLMPEARAAAAGCAGGGGKAGDEEEEMCPRLFGVSIGLKRLKRSENGNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器