Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000519`

染色体: Chr05 坐标: 3994482-3995672 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000519`
名称	SmilChr05G000519
描述	chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	3994482 - 3995672 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985318`
GeneID	`130985318`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985318`
原始查询	`LOC130985318`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1
产物	chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1
Arabidopsis	`AT1G29930` (CAB1) chlorophyll A/B binding protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839871] identity=87.6; qcov=1.01; evalue=3.37e-170; confidence=high
Rice	`Os01g0600900` (CAB2R) - identity=86.8; qcov=1.01; evalue=3.09e-168; confidence=high
GO	GO:0009416 (response to light stimulus); GO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0009768 (photosynthesis, light harvesting in photosystem I); GO:0009941 (chloroplast envelope); GO:0010287 (plastoglobule)
KEGG	smil00196 (Photosynthesis - antenna proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00504 (Chloroa_b-bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985318

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057764222.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057764222.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	1.00000	`XP_057764222.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764222.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764222.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:3994776`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B33,C2,C48,C72
`Chr5:3994785`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B33,C2,C48,C72
`Chr5:3994833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr5:3995016`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,B18,B25,B68,C82
`Chr5:3995235`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B103,B104,C71
`Chr5:3995271`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B65,D8
`Chr5:3995374`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B121,B16,C70
`Chr5:3995389`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B119,B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764222.1

264 aa

132

264

Chloroa_b-bind

PF00504 Chloroa_b-bind 64-230 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764222.1`	Pfam	`PF00504`	Chloroa_b-bind	Family	64	230	7.1e-51	173.6	Chlorophyll A-B binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908239.1
CTATTATCCACCAATCCAAGATCACTAATAAAAAATGCCACCCGCCAATAAGAACACAGATAATGATATTCAAAGATAAGGACCCCCAAACCTCCAAATCACCCTATAAAACACACTCATCTCCACCTTCCACAATTCACCACCTCTTGAAGAAACTTCAAAAAAAACACCCATCTCCTCTCACTCACACTCACACTCACATTCTCACTCACAGCAATGGCCGCCTCCACAATGGCTCTCTCCTCCCCATCCTTCGCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985318
ATGGCCGCCTCCACAATGGCTCTCTCCTCCCCATCCTTCGCCGGTCAGGCGGTCAAGCTCTCCCCCTCCACCCCCAGCCTCTCCGGCGGCCGCGTCTCCATGCGTAAATCCGCCACCAAGTCCGTCTCCTCCGGCAGCCCCTGGTACGGCCCCGACCGCGTCAAGTACCTCGGCCCCTTCTCCGGCGAGGCCCCCAGCTACCTCACCGGCGAGTTCCCCGGCGACTACGGCTGGGACACCGCCGGCCTCTCCGCCGACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764222.1
MAASTMALSSPSFAGQAVKLSPSTPSLSGGRVSMRKSATKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEAPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHCRWAMLGALGCVFPELLARNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKEIKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAFATNF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器