当前解析结果
SmilChr05G000544| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000544 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000544 |
| 描述 | cold-regulated 413 inner membrane protein 1, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4155552 - 4157827 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985330 |
|---|---|
| GeneID | 130985330 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985330 |
| 原始查询 | LOC130985330 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cold-regulated 413 inner membrane protein 1, chloroplastic-like |
| 产物 | cold-regulated 413 inner membrane protein 1%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT1G29390 (COR314-TM2)cold regulated 314 thylakoid membrane 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839814] identity=50; qcov=1.04; evalue=6.07e-67; confidence=high |
| Rice | Os05g0566800 (COR413-TM1)- identity=61.8; qcov=0.791; evalue=8.26e-67; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05562 (WCOR413) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985330 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057764244.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057764244.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.60000 | XP_057764244.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764244.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764244.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4156417 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B66,C14 |
Chr5:4156417 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B66,C14 |
Chr5:4157072 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C68 |
Chr5:4157147 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C58 |
Chr5:4157305 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,B114,B36,C47 |
Chr5:4157367 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764244.1PF05562
WCOR413 56-206 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764244.1 |
Pfam | PF05562 |
WCOR413 | Family | 56 | 206 | 5.1e-46 | 157.7 | Cold acclimation protein WCOR413 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。