Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000620`

染色体: Chr05 坐标: 4687270-4688095 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000620`
名称	SmilChr05G000620
描述	uncharacterized SmilChr05G000620
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	4687270 - 4688095 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985340`
GeneID	`130985340`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985340`
原始查询	`LOC130985340`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsbHLH162; symbol=OsbHLH162; hit=Os05g0337200; species=rice; confidence=low
产物	OsbHLH162; symbol=OsbHLH162; hit=Os05g0337200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G56220` (AT3G56220) transcription regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824788] identity=31.8; qcov=1.07; evalue=1.46e-18; confidence=low
Rice	`Os05g0337200` (OsbHLH162) - identity=36.4; qcov=1.07; evalue=5.65e-20; confidence=low
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF22754 (bHLH-TF_ACT-like_plant)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985340

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764260.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057764260.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764260.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764260.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764260.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:4687457`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B32,B75,C42
`Chr5:4687457`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B32,B75,C42
`Chr5:4687770`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,B77
`Chr5:4687927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764260.1

144 aa

144

bHLH-TF_ACT-like_plant

PF22754 bHLH-TF_ACT-like_plant 63-135 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764260.1`	Pfam	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	Domain	63	135	1.9e-14	54.2	Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908277.1
AGTATATATCTTGACATTCCGTGACTCCCACAACCCCACTTTCATTTTTTTCAGTCTTTATAAAAACCGCATGCGTCCATCGCCATTCAATTACCACCAACACAGAATTGATGGCGTCTAAAATGCACAGGAGAATTGCACTGCGCAGAAAGCTTCAAATTTTGAGGACTCTCACCAAATCCAAATCAGAGAAGAAGAGCTCCATCATCGCAGATACTTTCCTCTACATCCACAAGTTGAAGCTCCAAGTCGAAGCAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985340
ATGGCGTCTAAAATGCACAGGAGAATTGCACTGCGCAGAAAGCTTCAAATTTTGAGGACTCTCACCAAATCCAAATCAGAGAAGAAGAGCTCCATCATCGCAGATACTTTCCTCTACATCCACAAGTTGAAGCTCCAAGTCGAAGCAATCAGAAAAGAGTGCCAACACCTTATAAATCATATCCAGGAGGTGAAAGTGGAGAGTGTTGGGAAAGGGTATTTAGTAGTGAGGGTGAGATGCAAGAAAGGCGAACAAGTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764260.1
MASKMHRRIALRRKLQILRTLTKSKSEKKSSIIADTFLYIHKLKLQVEAIRKECQHLINHIQEVKVESVGKGYLVVRVRCKKGEQVLLASILEMFEELNMNVMQASITCKYFFGMEAVVKSDIDAAVLNQAIIKLLQMHTQKCT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器