Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000651`

染色体: Chr05 坐标: 4918206-4919545 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000651`
名称	SmilChr05G000651
描述	probable inactive dual specificity protein phosphatase-like At4g18593
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	4918206 - 4919545 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985364`
GeneID	`130985364`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985364`
原始查询	`LOC130985364`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable inactive dual specificity protein phosphatase-like At4g18593
产物	probable inactive dual specificity protein phosphatase-like At4g18593
Arabidopsis	`AT4G18593` (AT4G18593) dual specificity protein phosphatase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827592] identity=61.4; qcov=1; evalue=1.25e-55; confidence=high
Rice	`Os02g0251700` - identity=52.7; qcov=0.882; evalue=1.17e-41; confidence=medium
GO	GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0008138 (protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985364

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764287.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057764287.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057764287.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057764287.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764287.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:4918539`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr5:4918740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B35
`Chr5:4918872`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	25	A10,B103,B110,B118,B131,B15,B18,B25,B26,B52,B63,B76,B94,B95,C1,C18,C21,C45,C48,C61,C7,C71,C81,D5,D8
`Chr5:4918885`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C65,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908305.1
TGTACTATGCCTCATAGTGGGCTTCAAATAGTTTTCAGTTGGAATAAAACACTACGAAACAATCATTTTACATGTTTAAAAATTCAAAAGGAACGAAAATAGAATTTTTTTTGGGCTTCAAATTAATTACCAGACAGCAGAAGAAGAAGTAGAAGAACGCGGAGCTCGTAATTTGCAGGTTGCAATGGAAGCAGCTCTTAATAACACTGCTTTAGGTTCTGATCCAAATCCCCCGGTTATATATCGCTGCAAGAAATGCC...

XM_057908304.1
CTATGCCTCATAGTGGGCTTCAAATAGTTTTCAGTTGGAATAAAACACTACGAAACAATCATTTTACATGTTTAAAAATTCAAAAGGAACGAAAATAGAATTTTTTTTGGGCTTCAAATTAATTACCAGACAGCAGAAGAAGAAGTAGAAGAACGCGGAGCTCGTAATTTGCAGGTTGATTTGGTGCTGCACAAAAACTTCTCATACTCTGTGGTTGCAATGGAAGCAGCTCTTAATAACACTGCTTTAGGTTCTGATCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985364
ATGGAAGCAGCTCTTAATAACACTGCTTTAGGTTCTGATCCAAATCCCCCGGTTATATATCGCTGCAAGAAATGCCGTAGAATTGTTGCTACAGAGGAGCACATTGTTTCCCATGAACGCGGAAGAGGGCAAAAAAGCTTCAAATGGAAAAAGAGAAATGCTGACGATGACGTGCGGGTTCTTGAATGCTCCTCTATCTTTGTGGAGCCCATGAAATGGATGCAAACATTGGAAGAGGGTTGTGTGGGAGACAAGCTTCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057764287.1
MEAALNNTALGSDPNPPVIYRCKKCRRIVATEEHIVSHERGRGQKSFKWKKRNADDDVRVLECSSIFVEPMKWMQTLEEGCVGDKLQCIGCKARLGSFNWAGMQCNCGAWINPAFQLHKSRLDECRT

XP_057764288.1
MEAALNNTALGSDPNPPVIYRCKKCRRIVATEEHIVSHERGRGQKSFKWKKRNADDDVRVLECSSIFVEPMKWMQTLEEGCVGDKLQCIGCKARLGSFNWAGMQCNCGAWINPAFQLHKSRLDECRT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器