Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000671`

染色体: Chr05 坐标: 5112679-5119034 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000671`
名称	SmilChr05G000671
描述	uncharacterized SmilChr05G000671
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	5112679 - 5119034 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985383`
GeneID	`130985383`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985383`
原始查询	`LOC130985383`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0539700; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0539700; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os12g0539700` - identity=29.4; qcov=0.9; evalue=1.98e-60; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14214 (Helitron_like_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985383

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764326.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057764326.1`
3	Telomere	端粒	0.60000	`XP_057764326.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764326.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764326.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:5113220`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr5:5113240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr5:5113270`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,C80
`Chr5:5113281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,C80
`Chr5:5113311`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C11
`Chr5:5113380`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr5:5113436`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,B77
`Chr5:5113465`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B127,C29
`Chr5:5113490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,B47,C80
`Chr5:5113617`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B61,C43,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764326.1

541 aa

270

541

Helitron_like_N

PF14214 Helitron_like_N 343-524 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764326.1`	Pfam	`PF14214`	Helitron_like_N	Domain	343	524	3.6e-58	197.6	Helitron helicase-like domain at N-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908343.1
TACTAATAGAAAAAGAGCGAATGACAATTTAAGGGACAACTTGTGGATTGCCTATTTTACCCCTAAAATATAAATTTGTTAGTATAGATTAATAATTATCAACATCACGATTTTTCAATTAATTTTGACTCCTTTCTTTTTTGCCTTTTTAAAGAGAATGACTCACGACTTTTCAATCCATTGACTTCATAATTATCTTAATAAATTTGTTAGTATATAGATTAATAGACTCCTTTCTTTTTTGCCTTTTTAAAGAGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985383
ATGAACATGGAAGTTACATTGCGCAAAACAAGCTCATCTTCAGCTAATGAGGTATATAGACAAAGAAAAAATCTACAAAGACAAAAGAAACGTAAACGAATTGCAAGTGATTTGAATTGTTCATTGCTACATGAATTGAAAAATGTGCCTGATTGCATTCATTGTGGTGCAAGAAGATTTGAATATGAACCTCCTACTTTTTGTTGTGATAATGGAAAAGTTAAACTTGCATTTTCTGAAGTTCCTCCGGAGTTGGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764326.1
MNMEVTLRKTSSSSANEVYRQRKNLQRQKKRKRIASDLNCSLLHELKNVPDCIHCGARRFEYEPPTFCCDNGKVKLAFSEVPPELDELFTAQSEEAINFRRNIRAYNSIFSFTSFGVKLDKELASARRGVYSFRAQGMVYHDLPGLIPQYTSPTFFQLYFYDTQSEFENRINIMQNQVLSEAVVQMLMKILEINPYAKFFRRLKDYPSMDNVQLHISKDVNLDQRVYNSPHADQVAVIWVEGNNENIPLERDIVVHAHSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器