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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000693

染色体: Chr05 坐标: 5239438-5240939 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000693
名称SmilChr05G000693
描述nudix hydrolase 15, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5239438 - 5240939 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985404
GeneID130985404
locus_tag-
NCBI NameLOC130985404
原始查询LOC130985404

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nudix hydrolase 15, mitochondrial-like
产物nudix hydrolase 15%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G28960 (NUDX15)
nudix hydrolase homolog 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839773]
identity=53.8; qcov=0.996; evalue=1.41e-83; confidence=high
RiceOs08g0375900 (OJ1705_C03.104-1)
-
identity=61.9; qcov=0.73; evalue=4.13e-74; confidence=high
GOGO:0003986 (acetyl-CoA hydrolase activity); GO:0010945 (coenzyme A diphosphatase activity); GO:0015938 (coenzyme A catabolic process)
KEGG-
PfamPF00293 (NUDIX)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985404

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057764346.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057764346.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057764346.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764346.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764346.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5239674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:5239963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B65,C47,D6
Chr5:5240047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr5:5240578 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B79,C27,C3
Chr5:5240578 AG A 1bp_deletion CDS_variant 3 B79,C27,C3
Chr5:5240590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764346.1
241 aa
N
1
120
241
NUDIX
C
PF00293 NUDIX 56-185 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764346.1 Pfam PF00293 NUDIX Domain 56 185 2.4e-14 54.2 NUDIX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908363.1
GGAACCCACATAATTAGTGGAAGTGAGTTAAGACATAAAAATGTGAGAACGGCGGGGCCCAGCTTTCCTAATCCAAAATAACAAACGGAGCAGATATACAGCTCCAGAGGCTATATTCATGTTAATGTTACCCCAAATTAGTGGAAGTGAGCAGATATATTCATGTTACCCCAAATAACGCTGCCTTGAATCTTCTTCCTAAAGTTAGAACAATAAAGATGTGTTCCGATACTTGTGGGAAATCAGATACCCTCCTCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985404
ATGTGTTCCGATACTTGTGGGAAATCAGATACCCTCCTCAAAATCGCCGACAGACTCCGCCTTTACCAACCCGATCACGCCTTCGACAACACAATCGACACCAAATATTCACGAATTCCCCCGTCTGCCGGCGAATTGGACGCTCACGGAGGAGTCCGTCGCAGTCGAGCTGCGGTTTTGATCTGCTTGTTCCAAGGAAAAGATGGCGATCTCCGCGTCATACTCACCAAAAGATCTTCAGCTATGTCTTCTCATTCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764346.1
MCSDTCGKSDTLLKIADRLRLYQPDHAFDNTIDTKYSRIPPSAGELDAHGGVRRSRAAVLICLFQGKDGDLRVILTKRSSAMSSHSGEVALPGGKWEEGDESDAATALREAKEEIGLDPSIVEVVAILDPIFTKREMDVFPVIGIVWDMSGFKPILNPSEVESVFDAPLEMFLKNEKRREEMVEWMGHRYLLHFFDYETENRCYTIWAFTASILIKVASIVYERAPAFEELAPRFWSRSRH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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