Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000696`

染色体: Chr05 坐标: 5255445-5259106 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000696`
名称	SmilChr05G000696
描述	protein IQ-DOMAIN 9-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	5255445 - 5259106 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985407`
GeneID	`130985407`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985407`
原始查询	`LOC130985407`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein IQ-DOMAIN 9-like
产物	protein IQ-DOMAIN 9-like
Arabidopsis	`AT2G33990` (iqd9) IQ-domain 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817960] identity=47.7; qcov=0.703; evalue=2.98e-63; confidence=high
Rice	`Os06g0155300` - identity=46.8; qcov=0.691; evalue=4.38e-59; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985407

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057764353.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057764351.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057764351.1`
4	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057764351.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764353.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:5255748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C45
`Chr5:5255781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr5:5255825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C59
`Chr5:5255866`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B31,B40,C51,C80
`Chr5:5255892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C12,C38
`Chr5:5255921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B52,D4
`Chr5:5255949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr5:5255999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B79,C27,C3
`Chr5:5257023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B28,C2
`Chr5:5257431`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,C29,C38
`Chr5:5257476`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,C8,D7
`Chr5:5257726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B51,B87,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908368.1
ATTTTGACAAAACAGAGTATTATAAAAATGAGAGGAGCCATTGCGAATAATGATTGAAGGGGATCAGGGTTGGTTCCGCTGTCGCTATAACCATAAATTAACTTGCATAAAACTACGAATTTCATGCAAATTTGGATTTTGGAGGTGTCGGTTAAACCCATTGATGGAGGAAAATAAATACATTAATTTTCTTCAAATAATTGGAATCTAAAGCGACAGGCCATGGATTTCTTATTTGTTGAGACGTTTTTAGGTTGATT...

XM_057908370.1
AGCCGCTGGGCCATGGCAAATATCGGCAAAGCTACCCACTTTGTGCGCTTTCTCTTTCCCTCTCTACCTTCTACTTCAAGTCTGTACATATAAGCCTCTGCCTTTGTATTTCTTCTGTTTCACTCATACTTGTCTATCCGACTCCAATCTCCATCACTACTTTTAGCTTCTATTTTGCTTGGTTTTTTTGTCAGCTCAGAGAGAAACCCTTTTGCCCAAAAGGAGGAGTCTTTACTCTGTGGAGGCCACTTCTTTGGTTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130985407
ATGGCAAATATCGGCAAAGCTACCCACTTTGTGCGCTTTCTCTTTCCCTCTCTACCTTCTACTTCAACTCAGAGAGAAACCCTTTTGCCCAAAAGGAGGAGTCTTTACTCTGTGGAGGCCACTTCTTTGGGTCTTTCAATTACCAGTTTGAGGCATCGAGCATTGAGTATGGGTTCTGGAGTTTGGTTTAAGAATATAATCAGAAAAAAGAAAGTGAAGGGAGAGAAATCACGGAAAGTGAAGAGATATTCGTCTTTTCA...

LOC130985407
ATGTCTCTTGATGTGTCTGTGATACCTTCAAGTGAACAAAATGGTCTTTCAATTACCAGTTTGAGGCATCGAGCATTGAGTATGGGTTCTGGAGTTTGGTTTAAGAATATAATCAGAAAAAAGAAAGTGAAGGGAGAGAAATCACGGAAAGTGAAGAGATATTCGTCTTTTCAACACATAACTGGCTGCACAGAGGATCTCTGCTCTCTCAAAGGGTGTCTAGCACTAGCCAATGGTGCTTGTCTCGATAATCAGGGCAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057764351.1
MANIGKATHFVRFLFPSLPSTSTQRETLLPKRRSLYSVEATSLGLSITSLRHRALSMGSGVWFKNIIRKKKVKGEKSRKVKRYSSFQHITGCTEDLCSLKGCLALANGACLDNQGSVVLSVEYVAARKIQTAYRAHAARRSLHRMRGTIRLQKLAQCDSVKNQASATLSRLHSWTKTQAQIRARRANMVMEGQLKQKKLEHQLKLEAKLHDFEVEWNSGSETVSEALAKIHHREEAAVRRERALAYAFTRQWKANMIPSF...

XP_057764352.1
MSLDVSVIPSSEQNGLSITSLRHRALSMGSGVWFKNIIRKKKVKGEKSRKVKRYSSFQHITGCTEDLCSLKGCLALANGACLDNQGSVVLSVEYVAARKIQTAYRAHAARRSLHRMRGTIRLQKLAQCDSVKNQASATLSRLHSWTKTQAQIRARRANMVMEGQLKQKKLEHQLKLEAKLHDFEVEWNSGSETVSEALAKIHHREEAAVRRERALAYAFTRQWKANMIPSFGPSNKDLSKANWGWSWMDRWIAARPWESR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器