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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000702

染色体: Chr05 坐标: 5289596-5291558 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000702
名称SmilChr05G000702
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g28690, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5289596 - 5291558 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985412
GeneID130985412
locus_tag-
NCBI NameLOC130985412
原始查询LOC130985412

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g28690, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g28690%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G28690 (AT1G28690)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839769]
identity=57; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0369700
-
identity=50.4; qcov=0.937; evalue=4.04e-169; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985412

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057764359.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764359.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764359.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764359.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764359.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5289939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:5290050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B44,C73,D11
Chr5:5290252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C45
Chr5:5290513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr5:5290564 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 132 A1,A11,A13,A14,A16,A20,A21,A24,A25,A3,A5,A7,A8,A9,B1,B101,B102,B104,B105,B107,B110,B112,B113,B118,B12,B120,B122,B123,B127,B128,B129,B13,B130,B133,B135,B137,B14,B17,B19,B2,B20,B22,B24,B25,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B37,B4,B40,B41,B44,B45,B47,B5,B50,B51,B53,B54,B55,B56,B59,B6,B62,B63,B65,B67,B69,B77,B8,B82,B85,B86,B88,B89,B91,B95,B96,B97,B99,C10,C12,C13,C15,C17,C19,C2,C22,C23,C25,C3,C32,C33,C34,C38,C42,C43,C45,C46,C48,C50,C55,C58,C61,C63,C64,C65,C67,C68,C69,C7,C72,C75,C76,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C86,D10,D2,D3,D4,D7,D8,D9
Chr5:5290623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:5290643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:5290734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr5:5290849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:5290857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr5:5290872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:5290978 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 10 B1,B119,B138,B15,B7,B79,B87,B9,C11,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764359.1
523 aa
N
1
262
523
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF13041 PPR_2 96-139 aa PF01535 PPR 97-121 aa PF01535 PPR 167-196 aa PF01535 PPR 201-226 aa PF13041 PPR_2 226-274 aa PF13812 PPR_3 226-274 aa PF01535 PPR 229-259 aa PF01535 PPR 303-330 aa PF12854 PPR_1 328-356 aa PF13041 PPR_2 328-377 aa PF01535 PPR 331-357 aa PF01535 PPR 368-393 aa PF01535 PPR 405-431 aa PF20431 E_motif 447-509 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764359.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 96 139 3.4e-49 165.5 PPR repeat family
XP_057764359.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 97 121 5.8e-48 158.6 PPR repeat
XP_057764359.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 167 196 5.8e-48 158.6 PPR repeat
XP_057764359.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 201 226 5.8e-48 158.6 PPR repeat
XP_057764359.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 226 274 3.4e-49 165.5 PPR repeat family
XP_057764359.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 226 274 2.1e-14 54.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057764359.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 229 259 5.8e-48 158.6 PPR repeat
XP_057764359.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 303 330 5.8e-48 158.6 PPR repeat
XP_057764359.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 328 356 2.4e-31 107.9 PPR repeat
XP_057764359.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 328 377 3.4e-49 165.5 PPR repeat family
XP_057764359.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 331 357 5.8e-48 158.6 PPR repeat
XP_057764359.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 368 393 5.8e-48 158.6 PPR repeat
XP_057764359.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 405 431 5.8e-48 158.6 PPR repeat
XP_057764359.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 447 509 1.1e-14 55.2 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908376.1
GATTCAATATTCAACCGCTCAAATGGTGGTTGGATAAGTAGAATTTGATACTCTATTTAACTAAAAAATAAATAAATCATTAAGTGGAATTAGAGATTTTGTTGGAAAGGAAATAAGGAATGAGTGAAACCTCAATCACCACTCCTGGTTTCTGAATCTGAGATTCAACTTGGACTAATCATCTCCTTCTTTGATATCTAAATGGGAAGAAAATGAGGCATGGCAGGTTTAGCAATATCAGTGCCCTAGTTCAACCCACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985412
ATGAGGCATGGCAGGTTTAGCAATATCAGTGCCCTAGTTCAACCCACAACGAATTGCCCACGAACAGAGCTCAACTCTGTACCAGTATTTTCTGTGGCATCGGAGCTGCAAAATTACATAAATTCCGATCACCCCTCTCAAGGCCAGAAGATCCATTCCCGCATTCTCAAAATCGGGTTCATACCCAATGTCAACATCTCCATCAAACTCCTCATCCTCTACATCAAGTCTTCCTGTTTATTGTACGCGCGCCAGGTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764359.1
MRHGRFSNISALVQPTTNCPRTELNSVPVFSVASELQNYINSDHPSQGQKIHSRILKIGFIPNVNISIKLLILYIKSSCLLYARQVFDEMPHRTLSAYNYMIAGNIRHGFVEDAFELVRELCLSDEKPDAYTFSMILKGSTSGLSSHAVAREVHAQIVKSYIAGDDVLYTALVDSYVKTESIAYARRVFDLMLDQNVICSTSMITGYMNRGRWEEAEDVFDKTHEKDVVVYNAMIEGYSKSVEMAKKALEMYIEMQRLDF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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