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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000710

染色体: Chr05 坐标: 5361784-5368384 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000710
名称SmilChr05G000710
描述GDSL esterase/lipase At1g28570-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5361784 - 5368384 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985415
GeneID130985415
locus_tag-
NCBI NameLOC130985415
原始查询LOC130985415

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At1g28570-like
产物GDSL esterase/lipase At1g28570-like
ArabidopsisAT1G28590 (AT1G28590)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839759]
identity=49.3; qcov=0.926; evalue=1.63e-116; confidence=high
RiceOs01g0612900 (OsGELP17)
-
identity=47.5; qcov=0.852; evalue=5.26e-107; confidence=high
GOGO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016298 (lipase activity)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985415

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057764363.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057764363.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764363.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764363.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764363.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5361920 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B102,C53
Chr5:5361920 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 B102,C53
Chr5:5362271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B36,B98,C35,C81
Chr5:5367352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:5367385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr5:5367716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr5:5367763 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,C46
Chr5:5367795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C40
Chr5:5367847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C69
Chr5:5368001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B37,C11
Chr5:5368037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C40
Chr5:5368077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764363.1
405 aa
N
1
202
405
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 57-379 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764363.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 57 379 2.5e-26 93.9 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908380.1
CGTATAGATAAATGCTTACAACTGTCTCATATATATGCATCATCACCACATTCCATTCCATATCGCATGTTCCATAATGGCTCCGTCATGTTTCTCTCCCAAAAACCGATCCATTTTCACACATTTCTTTCTTTTAATTTTATTTTCATCGCAAACCAAACTCGCTGCTTCTCTTCCTCCTTCTTCTTCTTGTTTCAAATCCATAATTGGCTTCGGCGATTCACTAACAGATACCGGAAACCTACTCCACTTGTATCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985415
ATGCATCATCACCACATTCCATTCCATATCGCATGTTCCATAATGGCTCCGTCATGTTTCTCTCCCAAAAACCGATCCATTTTCACACATTTCTTTCTTTTAATTTTATTTTCATCGCAAACCAAACTCGCTGCTTCTCTTCCTCCTTCTTCTTCTTGTTTCAAATCCATAATTGGCTTCGGCGATTCACTAACAGATACCGGAAACCTACTCCACTTGTATCCATCGGAACCTCCCTTGTTTTTCGCGGTGCCGCCGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764363.1
MHHHHIPFHIACSIMAPSCFSPKNRSIFTHFFLLILFSSQTKLAASLPPSSSCFKSIIGFGDSLTDTGNLLHLYPSEPPLFFAVPPYGETFFNRPTGRCSDGRLIIDFIAEYLGLPLVPPFYGGKNLSGGNSVNFAAASANALPDSFFMNKGIEVRHANISLTDQLRWFKELFLPKFYRKPSDRKRFLEASLMIVGEIGGNDYNHALLKGKSMELVQTFVPQVVKATTSTISELIKLGAVTLMVPGNFPIGCLATYLTQF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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