Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000715`

染色体: Chr05 坐标: 5436724-5438703 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000715`
名称	SmilChr05G000715
描述	adenylate-forming reductase 03009-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	5436724 - 5438703 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985426`
GeneID	`130985426`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985426`
原始查询	`LOC130985426`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	adenylate-forming reductase 03009-like
产物	adenylate-forming reductase 03009-like
Arabidopsis	`AT4G18540` (AT4G18540) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827586] identity=57.3; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0613100` - identity=54.5; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF26733 (03009_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985426

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057764378.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.60000	`XP_057764378.1`
3	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057764378.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764378.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764378.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:5436997`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr5:5437071`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B87
`Chr5:5437071`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B87
`Chr5:5437174`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B79,B92
`Chr5:5437196`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B92
`Chr5:5437276`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,B132
`Chr5:5437285`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr5:5437291`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B132,B52,B97
`Chr5:5437297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:5437424`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B38,B39,B97
`Chr5:5437481`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B33,B88,C43,D8
`Chr5:5437577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B131,C72,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764378.1

549 aa

274

549

03009_C

PF26733 03009_C 428-549 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764378.1`	Pfam	`PF26733`	03009_C	Domain	428	549	5e-41	140.1	Adenylate-forming reductase 03009, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908395.1
CTTCACAAACACGAAGCACACAACCATTACTTTGAGATTCAAACTTCAACTCTCTTATCCCGCATTCATTCATTCCCACCAAAAAAATGGAAAACAACGAAAAACTGGAGAGGTTTTCGAGCTGCAGAGGCGTAGCTTTCGAAATCAAACCCCATTCCGACCTCTTCGCCATTCCTGCTCCGGTGATTAACCCTCCTCGCAACGGCAGCAGCCGCAGATCCTGGGTTCAATGGGGCAGCTTCACGCGAGTTGTTCCATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985426
ATGGAAAACAACGAAAAACTGGAGAGGTTTTCGAGCTGCAGAGGCGTAGCTTTCGAAATCAAACCCCATTCCGACCTCTTCGCCATTCCTGCTCCGGTGATTAACCCTCCTCGCAACGGCAGCAGCCGCAGATCCTGGGTTCAATGGGGCAGCTTCACGCGAGTTGTTCCATCCTCCGACCTCTTGGAGAGGTCTATGAGCCGCACCAGCAGCCATTTCTGCGATCTCGACGACGATGATGCCGACGTCGAAACCCTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764378.1
MENNEKLERFSSCRGVAFEIKPHSDLFAIPAPVINPPRNGSSRRSWVQWGSFTRVVPSSDLLERSMSRTSSHFCDLDDDDADVETLADIEEGHEEGKLDQSPPPLPLPPPPSAAKKKSASSRLSVILLDQGLFTVYKRLFAVCLALNITGLVLAATGDFPYARNRAALFSIANIFALVLCRSEAVLRVVFWVAVNVLGYSWVPLRLKTMTTALLQSLGGIHSGCGISSVAWLIYALVLTLKDRDNTSPEIIGVAAAILGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器