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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000734

染色体: Chr05 坐标: 5593661-5597528 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000734
名称SmilChr05G000734
描述uncharacterized SmilChr05G000734
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5593661 - 5597528 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985446
GeneID130985446
locus_tag-
NCBI NameLOC130985446
原始查询LOC130985446

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816361]; symbol=AT2G18465; hit=AT2G18465; species=arabidopsis; confidence=low
产物Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816361]; symbol=AT2G18465; hit=AT2G18465; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G18465 (AT2G18465)
Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816361]
identity=33.1; qcov=1.13; evalue=2.23e-26; confidence=low
RiceOs04g0687300 (OsDjC46)
-
identity=33.6; qcov=1.1; evalue=6.04e-25; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985446

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057764413.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.80000 XP_057764413.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764413.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764413.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764413.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5593955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B12,B36,B71,C27
Chr5:5594190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,B71
Chr5:5594191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B51,B87,B88
Chr5:5594212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B45
Chr5:5594332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B30,B42,C31,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764413.1
239 aa
N
1
120
239
DnaJ
C
PF00226 DnaJ 177-232 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764413.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 177 232 1.1e-08 35.8 DnaJ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908430.1
GCAGCCGAACCAACCAAATGGAAATCAAACCGGCTCGGTCTTTGGACCAAGATTTCCATTTCAATTGCGAAACACTGCACCTTCGTAAATACAATTTGCATCCAATTCGTGTTCCCAATTTGTTCTAATCAACAATCATAAGATTTTATCATGCAAATTTTACAGAGATGTCGAAACCTATTGATCCTCAACAACACCGTTACTCAATCGACGAGACTAGCAGCGGCAGCACCCCATTTGGCTTCATTACATTCAAGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985446
ATGCAAATTTTACAGAGATGTCGAAACCTATTGATCCTCAACAACACCGTTACTCAATCGACGAGACTAGCAGCGGCAGCACCCCATTTGGCTTCATTACATTCAAGTGGTGTAACAAGAGATGAAGAACCATCGAAGACTTATATAAGATATACAGTACGGCAGAAGCGGCCTGACACAACGAAGAAAGCTCTTAAAGATATTCTCTACAACGGGGGGTGCTCAACATCAAGACATGAGGGAGCGGCAGGCTATGCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764413.1
MQILQRCRNLLILNNTVTQSTRLAAAAPHLASLHSSGVTRDEEPSKTYIRYTVRQKRPDTTKKALKDILYNGGCSTSRHEGAAGYADRLNKKSRIKAAHHSKRAAQRKLKRKHQRENPLDDCDDDPAKAFFAAFGRVGSNWNFRRWEQRSEWAENYHGSNSRLNEQGARSMTYADRKVLGLPETGPLKIEDVKTAFRSSALKWHPDRHQPSARAAAQEQFKHCVDAYKSLCASVSSRKI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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