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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002645

染色体: Chr01 坐标: 44757743-44763466 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002645
名称SmilChr01G002645
描述uncharacterized SmilChr01G002645
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向44757743 - 44763466 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985449
GeneID130985449
locus_tag-
NCBI NameLOC130985449
原始查询LOC130985449

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Myosin heavy chain-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842636]; symbol=AT1G63300; hit=AT1G63300; species=arabidopsis; confidence=high
产物Myosin heavy chain-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842636]; symbol=AT1G63300; hit=AT1G63300; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G63300 (AT1G63300)
Myosin heavy chain-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842636]
identity=46.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0107400
-
identity=26.1; qcov=0.861; evalue=2.13e-34; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF10358 (NT-C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985449

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057764421.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057764421.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057764421.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764421.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764421.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:44758312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B128,C78
Chr1:44758829 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:44759795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:44759820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr1:44760028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B78
Chr1:44760317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:44760445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr1:44760475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B26,B80,C38,C60
Chr1:44760581 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr1:44760614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr1:44760807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B6,C74
Chr1:44760866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764421.1
1082 aa
N
1
541
1082
NT-C2
C
PF10358 NT-C2 11-142 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764421.1 Pfam PF10358 NT-C2 Domain 11 142 4.1e-22 79.1 N-terminal C2 in EEIG1 and EHBP1 proteins

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908438.1
ATAGTAGTCATAATTATGCCACTCGTTCTCACACACACACACACTCCTCTCTTTCAAAGAGAATACTGTTACGTACAAAAATGTATAGAGAGAGAGAGCATACCCACACATCTCAGAGAGAGAAAACCGGTCCTATGCCCATATAGCATTGGGCGCAACGAAAATAGCAAACTGAGTGAAGCAGCCTTTAGATCTGCCTTCGCTGTTTTCTCTCGTTTTAGTCGCTGGTTTTTCAGTTTCGACATTAAAGAGTGAGCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985449
ATGTTCAAGTCCGCGCGGTGGAGGAGCGAGAAGAACAAGGTCAAAATAGTGTTTAAGTTGCAGTTTCATGCAGCTAAGGTGCCGCAGATTGGTGGGGATGCATTGATGATATCCGTTGTTCCCGCTGATGTTGGCAAGCCCACAGTTAAGTCCGACAGGGCATTGGTTCGAGATGGTAGTTGTTTCTGGGAGAATCCAGTGTATGAAACTGTGAAGTTCAGTCGAGAGCCAAAATCAGGGAAGATTCATGAGAGGATATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764421.1
MFKSARWRSEKNKVKIVFKLQFHAAKVPQIGGDALMISVVPADVGKPTVKSDRALVRDGSCFWENPVYETVKFSREPKSGKIHERIYYFVVGTGSSKGGVLGEASIDFSNYVEITKVSLVVLPLKNSKTEAVLNLSIQRMQESIDERELEETESVKLNYKENSLKSQLDNGDKDGLIKSSSDDVLLNKTVSHIVEFNGNRRASSGSDLTISSSDGSCGVEIPWQPQIKNGSVHQEPTAVLPSLRPNSDAQPAVYEEHQRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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