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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000738

染色体: Chr05 坐标: 5627362-5628136 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000738
名称SmilChr05G000738
描述double-strand break repair protein MRE11-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5627362 - 5628136 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985450
GeneID130985450
locus_tag-
NCBI NameLOC130985450
原始查询LOC130985450

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述double-strand break repair protein MRE11-like
产物double-strand break repair protein MRE11-like
ArabidopsisAT5G54260 (MRE11)
DNA repair and meiosis protein (Mre11) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835514]
identity=81.8; qcov=0.948; evalue=1.5e-57; confidence=high
RiceOs04g0635900 (MRE11)
-
identity=74.5; qcov=0.914; evalue=3.33e-50; confidence=medium
GOGO:0000723 (telomere maintenance); GO:0000724 (double-strand break repair via homologous recombination); GO:0004519 (endonuclease activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006303 (double-strand break repair via nonhomologous end joining); GO:0007095 (mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling); GO:0030145 (manganese ion binding); GO:0030870 (Mre11 complex); GO:0042138 (meiotic DNA double-strand break formation); GO:0097552 (mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination)
KEGG-
PfamPF04152 (Mre11_DNA_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985450

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764419.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057764419.1
3 Nuclear body 核内小体 0.60000 XP_057764419.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057764419.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057764419.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764419.1
116 aa
N
1
58
116
Mre11_DNA_bind
C
PF04152 Mre11_DNA_bind 37-105 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764419.1 Pfam PF04152 Mre11_DNA_bind Domain 37 105 6.7e-14 53.1 Mre11 DNA-binding presumed domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908436.1
CATCATATCATATGTTCAGGAAGTACCAGGAATGGGTTTTCACATCACACAACCTGGTTCATCTGTTGCAACATCATTGATTGATGGTGAATCAAAGCCAAAACATGTGCTGCTTTTAGAGATCAAGGGGAATCAGTATCGGCCAACAAAGATACCTCTGAGTTCAGTGAGGCCATTTGAATACACAGAGGTGGTGCTGAAGGATGAGCCTGACATAGACTCGAATGATCATAATACAATTCTTGAACATTTGGATAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985450
ATGGGTTTTCACATCACACAACCTGGTTCATCTGTTGCAACATCATTGATTGATGGTGAATCAAAGCCAAAACATGTGCTGCTTTTAGAGATCAAGGGGAATCAGTATCGGCCAACAAAGATACCTCTGAGTTCAGTGAGGCCATTTGAATACACAGAGGTGGTGCTGAAGGATGAGCCTGACATAGACTCGAATGATCATAATACAATTCTTGAACATTTGGATAAAGTGGTTAGAGATTTGATAGAGAGGGCAAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764419.1
MGFHITQPGSSVATSLIDGESKPKHVLLLEIKGNQYRPTKIPLSSVRPFEYTEVVLKDEPDIDSNDHNTILEHLDKVVRDLIERANQKAVKKQELKLPLVRIKVIFVLLLFSLFIV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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