当前解析结果
SmilChr05G000745| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000745 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000745 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 73-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5736998 - 5739205 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985458 |
|---|---|
| GeneID | 130985458 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985458 |
| 原始查询 | LOC130985458 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 73-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 73-like |
| Arabidopsis | AT4G28500 (NAC073)NAC domain containing protein 73 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828968] identity=67.7; qcov=0.83; evalue=6.76e-112; confidence=high |
| Rice | Os05g0563000 (OsSND2)- identity=73.7; qcov=0.7; evalue=6.46e-108; confidence=high |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985458 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057764427.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764427.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764427.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764427.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057764427.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5737416 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B13,B40,B69,C2 |
Chr5:5737440 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,C12,C18 |
Chr5:5737575 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,B68,C48,C8,D4 |
Chr5:5737703 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B1,B7,C11,C69 |
Chr5:5737719 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,B68,C48,C8,D4 |
Chr5:5737779 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B30,B42,B43,B94,C31 |
Chr5:5737854 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A16 |
Chr5:5738495 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr5:5738749 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 10 | A2,B6,B69,B89,C25,C4,C58,C63,C73,D3 |
Chr5:5738790 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 120 | A1,A10,A14,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A3,A7,A9,B1,B10,B102,B103,B109,B11,B110,B114,B119,B120,B125,B126,B127,B128,B131,B132,B134,B137,B14,B15,B17,B18,B22,B3,B30,B31,B32,B34,B35,B42,B45,B49,B51,B54,B57,B6,B62,B63,B67,B69,B7,B70,B78,B79,B81,B83,B86,B87,B89,B90,B94,B96,B98,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C19,C21,C22,C25,C26,C27,C28,C30,C31,C33,C34,C36,C37,C38,C39,C4,C42,C45,C46,C48,C49,C50,C52,C54,C55,C56,C58,C59,C60,C61,C63,C64,C65,C69,C7,C70,C72,C73,C75,C76,C79,C80,C83,C85,D1,D2,D3,D5,D7 |
Chr5:5738876 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 152 | A1,A10,A11,A14,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A3,A7,A9,B1,B10,B100,B102,B103,B105,B109,B11,B110,B114,B119,B120,B123,B125,B126,B127,B128,B131,B132,B134,B137,B14,B15,B17,B18,B22,B3,B30,B31,B32,B34,B35,B36,B4,B42,B45,B49,B51,B54,B57,B58,B6,B62,B63,B67,B68,B69,B7,B70,B75,B78,B79,B80,B81,B83,B86,B87,B89,B90,B91,B93,B94,B96,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C30,C31,C33,C34,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C42,C43,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C52,C53,C54,C55,C56,C58,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C69,C7,C70,C72,C73,C75,C76,C79,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D5,D7,D8,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764427.1PF02365
NAM 54-197 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764427.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 54 | 197 | 2.2e-25 | 90.2 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。