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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000750

染色体: Chr05 坐标: 5806255-5809635 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000750
名称SmilChr05G000750
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46100
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5806255 - 5809635 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985463
GeneID130985463
locus_tag-
NCBI NameLOC130985463
原始查询LOC130985463

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46100
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46100
ArabidopsisAT5G46100 (AT5G46100)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834651]
identity=58.2; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0672166
-
identity=42; qcov=1.01; evalue=2.94e-134; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985463

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057764434.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764434.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764434.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764434.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764434.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5807823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr5:5807979 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B45
Chr5:5808068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr5:5808117 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr5:5808322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:5808342 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D11
Chr5:5808342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:5808383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:5808522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr5:5808654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr5:5808674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr5:5808680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764434.1
482 aa
N
1
241
482
PPR
TPR_24
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
TPR_24
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
C
PF01535 PPR 52-81 aa PF23276 TPR_24 66-182 aa PF01535 PPR 93-116 aa PF17177 PPR_long 136-275 aa PF13812 PPR_3 145-199 aa PF13041 PPR_2 155-203 aa PF01535 PPR 158-186 aa PF12854 PPR_1 185-218 aa PF01535 PPR 192-222 aa PF13041 PPR_2 194-238 aa PF13812 PPR_3 213-269 aa PF12854 PPR_1 220-253 aa PF13041 PPR_2 224-273 aa PF01535 PPR 227-257 aa PF17177 PPR_long 238-364 aa PF23276 TPR_24 253-325 aa PF12854 PPR_1 255-288 aa PF01535 PPR 262-292 aa PF13041 PPR_2 264-308 aa PF13812 PPR_3 283-339 aa PF12854 PPR_1 290-323 aa PF01535 PPR 297-323 aa PF13812 PPR_3 318-369 aa PF12854 PPR_1 326-357 aa PF13041 PPR_2 329-369 aa PF01535 PPR 334-362 aa PF13812 PPR_3 401-442 aa PF12854 PPR_1 402-435 aa PF01535 PPR 410-439 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764434.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 52 81 6.5e-66 214.8 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 66 182 2.2e-33 115.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057764434.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 93 116 6.5e-66 214.8 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 136 275 2e-29 103.2 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057764434.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 145 199 1.3e-47 160.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057764434.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 155 203 9e-100 327.4 PPR repeat family
XP_057764434.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 158 186 6.5e-66 214.8 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 185 218 5.2e-86 282.7 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 192 222 6.5e-66 214.8 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 194 238 9e-100 327.4 PPR repeat family
XP_057764434.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 213 269 1.3e-47 160.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057764434.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 220 253 5.2e-86 282.7 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 224 273 9e-100 327.4 PPR repeat family
XP_057764434.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 227 257 6.5e-66 214.8 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 238 364 2e-29 103.2 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057764434.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 253 325 2.2e-33 115.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057764434.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 255 288 5.2e-86 282.7 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 262 292 6.5e-66 214.8 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 264 308 9e-100 327.4 PPR repeat family
XP_057764434.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 283 339 1.3e-47 160.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057764434.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 290 323 5.2e-86 282.7 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 297 323 6.5e-66 214.8 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 318 369 1.3e-47 160.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057764434.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 326 357 5.2e-86 282.7 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 329 369 9e-100 327.4 PPR repeat family
XP_057764434.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 334 362 6.5e-66 214.8 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 401 442 1.3e-47 160.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057764434.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 402 435 5.2e-86 282.7 PPR repeat
XP_057764434.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 410 439 6.5e-66 214.8 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009088971.1
AAGTAAAACTGAAATTGTGACCGTGTAGTCTGGAAACCCTCTCGCCTCTAAGCCTCCCGCCGCGCACACACACCCTCTCGGCCTCTCCGGCTCGGTCGTCGCCGCTCTCACCCTCTGCGCGGCACGATGGCAGGCCTCCCGACCCTCTCTCCTCTCGGTCTGGGCGCCTCTTCTTCCACAGCTCAGGCGCGAAGCAACAACTGAAATAAAATTTCACCGGAAAAGCTTGAAATAGCGGCGGCGCCAAGCAACCCGACGCT...
XR_009088973.1
CTGAAATTGTGACCGTGTAGTCTGGAAACCCTCTCGCCTCTAAGCCTCCCGCCGCGCACACACACCCTCTCGGCCTCTCCGGCTCGGTCGTCGCCGCTCTCACCCTCTGCGCGGCACGATGGCAGGCCTCCCGACCCTCTCTCCTCTCGGTCTGGGCGCCTCTTCTTCCACAGCTCAGGCGCGAAGCAACAACTGAAATAAAATTTCACCGGAAAAGCTTGAAATAGCGGCGGCGCCAAGCAACCCGACGCTGTCGTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985463
ATGGGTACAAAGTCGATGGTGAAGTGGCCGAAGCAAATCACGTCGTCTCTCGTGGAGCGGCTGTTGTCAGCGGAGAAAGACTTGGACAGAGCAATCTCCGTCTTCGAATCGGCCACCGCCGAATATTCCAACGGCTTTCACCACGATCAAACCACATTCGGCCTCATGATCCGGCGACTGCTCTCTGCCAACAAGTTCGTTTTCGCGGAGGAAATGCTCGCCCGAATGAAGCAAGAGAAGTGCGACGTAAACGAAGATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764434.1
MGTKSMVKWPKQITSSLVERLLSAEKDLDRAISVFESATAEYSNGFHHDQTTFGLMIRRLLSANKFVFAEEMLARMKQEKCDVNEDIFLSIYRAYGRVHKPLEVVRVFRKMKEFECKPTARSYITVFSILVDESHLKMAFTFYRYMRKQGIPASVPSLNVLIKALCKSSGTMDSAFQIFKEMPKRGHTPDSYTYGTLINGLCRGGRILEAKELLIDMEANGCAPSVFTYSCLIHGFCQSNKLTDAMELFKEMKTKGVDPN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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