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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000749

染色体: Chr05 坐标: 5803885-5804777 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000749
名称SmilChr05G000749
描述protein DMP6
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5803885 - 5804777 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985464
GeneID130985464
locus_tag-
NCBI NameLOC130985464
原始查询LOC130985464

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DMP6
产物protein DMP6
ArabidopsisAT5G46090 (AT5G46090)
transmembrane protein, putative (DUF679) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834650]
identity=62.4; qcov=1; evalue=1.35e-89; confidence=high
RiceOs05g0562800
-
identity=62.9; qcov=0.886; evalue=2.45e-78; confidence=high
GOGO:0010256 (endomembrane system organization)
KEGG-
PfamPF05078 (DUF679)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985464

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057764435.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057764435.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057764435.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057764435.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764435.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5804260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B45,B60,B82,C39
Chr5:5804269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B17,B55,B94,C40
Chr5:5804312 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B36,B7,B73
Chr5:5804329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr5:5804359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr5:5804434 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A25,B104,B127,C86
Chr5:5804598 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 50 A18,A20,A7,A8,B110,B13,B130,B131,B132,B134,B21,B22,B36,B38,B40,B41,B45,B47,B50,B51,B64,B66,B7,B73,B75,B79,B86,B89,B9,B91,C10,C12,C14,C23,C27,C28,C3,C32,C49,C50,C59,C68,C7,C76,C78,C8,C80,C84,D10,D11
Chr5:5804603 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 50 A18,A20,A7,A8,B110,B13,B130,B131,B132,B134,B21,B22,B36,B38,B40,B41,B45,B47,B50,B51,B64,B66,B7,B73,B75,B79,B86,B89,B9,B91,C10,C12,C14,C23,C27,C28,C3,C32,C49,C50,C59,C68,C7,C76,C78,C8,C80,C84,D10,D11
Chr5:5804625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B44,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764435.1
201 aa
N
1
100
201
DUF679
C
PF05078 DUF679 34-196 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764435.1 Pfam PF05078 DUF679 Family 34 196 7.4e-71 238.1 Protein of unknown function (DUF679)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908452.1
CTTCACCCAAGTCTCAAATCCAGTTAAAGAAAAAACTGCATTTCATGAAAAATGCAAACTACTCTTTCCAAAAGCGTGGTGTAATTAATCAATCAATCCGTGATCATGTTTGTTGCTTGCAAGGCAAAGCAAACTGGATGGATTTCCTTCCCTTCAACTCATACTCAACTCAATCAATCCTCACCTATAAATTAAATGCCAGTCCAGAAACAAAAGGAAGAATTCAATGGAGATGATCGAGGAGGAAGATGAAGCGTTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985464
ATGGAGATGATCGAGGAGGAAGATGAAGCGTTACTAACAAACAAGGGGCTACCAGAAGTAGAAAGAAACCTCATCCAAGAAGCCATCAGGCAGACGTTCCAGAGCACGGCGAGCCTAGCCAACCTCCTCCCGACCGGCTCGGCTCTCTGCTTCCAGCTGCTGGCGCCGATATTCACCAACCAAGGGGAGTGCGACGCGGCGGGGCGGGGCATGACGGCGGCGCTGGTGGGGCTCTGCGCATTCTCGTGCGTGCTGCTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764435.1
MEMIEEEDEALLTNKGLPEVERNLIQEAIRQTFQSTASLANLLPTGSALCFQLLAPIFTNQGECDAAGRGMTAALVGLCAFSCVLLCFTDSIKDQKGSVCYGFATFNGIWIIDGSATLPPEIAAKYKLKFIDFAHAVMSMLVFAAVALFDENVVKCLWPEPSTGTKEVLTALPVGIGVVCSMLFLVFPTKRHGIGFPLTDT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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