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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002647

染色体: Chr01 坐标: 44793420-44798415 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002647
名称SmilChr01G002647
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g63430
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向44793420 - 44798415 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985468
GeneID130985468
locus_tag-
NCBI NameLOC130985468
原始查询LOC130985468

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g63430
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g63430
ArabidopsisAT1G63430 (AT1G63430)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842649]
identity=63; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0683600
-
identity=47.2; qcov=0.613; evalue=8.62e-119; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985468

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057764441.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764441.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764441.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764441.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764441.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:44795193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr1:44795281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:44795763 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:44796004 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,C39
Chr1:44796304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B99,C2
Chr1:44796422 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B94,D11
Chr1:44796757 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B17,C30
Chr1:44797092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:44797214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B60
Chr1:44797589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B60
Chr1:44797921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr1:44797996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764441.1
667 aa
N
1
334
667
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 32-71 aa PF13855 LRR_8 101-159 aa PF00560 LRR_1 124-146 aa PF00069 Pkinase 373-639 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 373-641 aa
XP_057764449.1
667 aa
N
1
334
667
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 32-71 aa PF13855 LRR_8 101-159 aa PF00560 LRR_1 124-146 aa PF00069 Pkinase 373-639 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 373-641 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764441.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 32 71 4.8e-10 40.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057764441.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 101 159 1.8e-12 47.6 Leucine rich repeat
XP_057764441.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 124 146 8.1e-15 52.5 Leucine Rich Repeat
XP_057764441.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 373 639 6.4e-16 59.2 Protein kinase domain
XP_057764441.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 373 641 7.5e-19 68.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057764449.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 32 71 4.8e-10 40.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057764449.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 101 159 1.8e-12 47.6 Leucine rich repeat
XP_057764449.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 124 146 8.1e-15 52.5 Leucine Rich Repeat
XP_057764449.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 373 639 6.4e-16 59.2 Protein kinase domain
XP_057764449.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 373 641 7.5e-19 68.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908466.1
CAAAGTCTGTTTTTGAATGTTGATCCCCATAATTACAATGATTAGCTTAAGCAAAAGCTAATTACGCCACTAAACCCCCCTTCCCATTTTTCCTGCTTGTTTGTCCGTTTGTTATCAACTTTCAGCGTCACTCAGAACTGAGAACAAAATTTCATTCAAATTCCTTCCATTTTCATACCATTTATTTTTCTTCTCAAATTCACATAAAAACATTCTTCCTTTTTCCTGCTATAGACATTTTCTGCAGCCGTGTGGACTCA...
XM_057908458.1
CCATAATTACAATGATTAGCTTAAGCAAAAGCTAATTACGCCACTAAACCCCCCTTCCCATTTTTCCTGCTTGTTTGTCCGTTTGTTATCAACTTTCAGCGTCACTCAGAACTGAGAACAAAATTTCATTCAAATTCCTTCCATTTTCATACCATTTATTTTTCTTCTCAAATTCACATAAAAACATTCTTCCTTTTTCCTGCTATAGACATTTTCTGCAGCCGTGTGGACTCAATTTTGATTTTCTGTTCAATTATCCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985468
ATGCGTGGTAGAAAGATGATATCCTTACCTTCAATTCAAGCTCTTTTGCTCGGTTTAGGACTCTTCTTCGCAGATTGCTTCGCATTTCCCATAAATGAAGTTGAAGCGTTAACTTCTTTCAAGAGAGCTATTTTTGAGGACCCTTTGCTGGTATTGTCAAATTGGAATCCTCTGGTTTCAGATCCTTGTTATTGGTCTGGCGTTTATTGCTCGATAGCCGGAGATCATGTCGTAAAGATTAATATATCTGAGGCATCTAT...
LOC130985468
ATGCGTGGTAGAAAGATGATATCCTTACCTTCAATTCAAGCTCTTTTGCTCGGTTTAGGACTCTTCTTCGCAGATTGCTTCGCATTTCCCATAAATGAAGTTGAAGCGTTAACTTCTTTCAAGAGAGCTATTTTTGAGGACCCTTTGCTGGTATTGTCAAATTGGAATCCTCTGGTTTCAGATCCTTGTTATTGGTCTGGCGTTTATTGCTCGATAGCCGGAGATCATGTCGTAAAGATTAATATATCTGAGGCATCTAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057764441.1
MRGRKMISLPSIQALLLGLGLFFADCFAFPINEVEALTSFKRAIFEDPLLVLSNWNPLVSDPCYWSGVYCSIAGDHVVKINISEASIKGFLAPEFHKLSALQELILHGNLLIGTIPKEIGLLTNLKVLDLGSNQLTGSIPHEIGNLTGIQKINLQSNVLTGKLPYELGTLRYLEELRLDRNKFLGTIPAANGSDFSAVKHGMYASNASQLGFCGASQLRVVDLSHNFLVGNVPGCLDYLPRSSFLGNCLQDKDPKQRPAT...
XP_057764449.1
MRGRKMISLPSIQALLLGLGLFFADCFAFPINEVEALTSFKRAIFEDPLLVLSNWNPLVSDPCYWSGVYCSIAGDHVVKINISEASIKGFLAPEFHKLSALQELILHGNLLIGTIPKEIGLLTNLKVLDLGSNQLTGSIPHEIGNLTGIQKINLQSNVLTGKLPYELGTLRYLEELRLDRNKFLGTIPAANGSDFSAVKHGMYASNASQLGFCGASQLRVVDLSHNFLVGNVPGCLDYLPRSSFLGNCLQDKDPKQRPAT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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