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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000755

染色体: Chr05 坐标: 5842219-5844072 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000755
名称SmilChr05G000755
描述uncharacterized SmilChr05G000755
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5842219 - 5844072 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985469
GeneID130985469
locus_tag-
NCBI NameLOC130985469
原始查询LOC130985469

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNAJ heat shock family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816578]; symbol=AT2G20560; hit=AT2G20560; species=arabidopsis; confidence=high
产物DNAJ heat shock family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816578]; symbol=AT2G20560; hit=AT2G20560; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G20560 (AT2G20560)
DNAJ heat shock family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816578]
identity=77.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0562300 (OsDjB7)
-
identity=75.3; qcov=1.06; evalue=1.13e-174; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ); PF01556 (DnaJ_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985469

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057764438.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057764438.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057764438.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057764438.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764438.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5842553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr5:5842596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr5:5842677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B38,B39,B97
Chr5:5843080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764438.1
338 aa
N
1
169
338
DnaJ
DnaJ_C
C
PF00226 DnaJ 4-67 aa PF01556 DnaJ_C 163-321 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764438.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 4 67 1.8e-27 95.9 DnaJ domain
XP_057764438.1 Pfam PF01556 DnaJ_C Domain 163 321 4.2e-40 138.0 DnaJ C terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908455.1
AAATCGGACCGGGGTGGGGGAAGGCAAATTAGACCGGGGCGAACCAGCAGTTCTGGAAAGTTCGACGGCGTTCTAGTCCAGCCCACGCTGCTCATTTCCAGACCCATCTCATCTCCCCCCTTCATATCTCCGACTCCAACAATAAATCATTCACTCTTTCCCCAATTTCTCCATACCTTTCTTAAAATTCATATCTCAAATCTTTTGGAATTTGCACGCACCTTTTTCTGCAGCTCAACAACGCACATATTCTATTGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985469
ATGGGTGTTGATTACTACAAGATATTGCAGGTCGACAAGAACGCGAAAGATGACGACTTGAAGAAAGCTTACAGAAAGCTCGCGATGAAGTGGCATCCCGACAAGAATCCCAACAACAAGAAAGATGCTGAGGCTAAATTCAAGCAGATTTCCGAAGCATATGATGTTCTAAGTGATCCTCAAAAGAGGGCTGTATACGATCAGTACGGCGAAGAAGGTCTGAAGGGTCAAGTGCCGCCGCCGGATGCTGGTGGTGCGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764438.1
MGVDYYKILQVDKNAKDDDLKKAYRKLAMKWHPDKNPNNKKDAEAKFKQISEAYDVLSDPQKRAVYDQYGEEGLKGQVPPPDAGGATFFQSGDGPNVYRFNPRNADDIFAEFFGFSGPLGGGGMRGGRGFGGSMFGEDIFSSFGGGGGDGRPMSTGPRKAPPIEQKLPCSLEELYKGATKRMKISREISDASGKTLPVEEILTIDIKPGWKKGTKITFPEKGNEQPNVIPSDLVFIIDEKPHSVFTRDGNDLIVTQKISL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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