当前解析结果
SmilChr05G000755| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000755 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000755 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G000755 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 5842219 - 5844072 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985469 |
|---|---|
| GeneID | 130985469 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985469 |
| 原始查询 | LOC130985469 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | DNAJ heat shock family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816578]; symbol=AT2G20560; hit=AT2G20560; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | DNAJ heat shock family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816578]; symbol=AT2G20560; hit=AT2G20560; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G20560 (AT2G20560)DNAJ heat shock family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816578] identity=77.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0562300 (OsDjB7)- identity=75.3; qcov=1.06; evalue=1.13e-174; confidence=high |
| GO | GO:0005829 (cytosol); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00226 (DnaJ); PF01556 (DnaJ_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985469 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057764438.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057764438.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057764438.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057764438.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764438.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:5842553 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr5:5842596 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A18 |
Chr5:5842677 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B127,B38,B39,B97 |
Chr5:5843080 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764438.1PF00226
DnaJ 4-67 aa
PF01556
DnaJ_C 163-321 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764438.1 |
Pfam | PF00226 |
DnaJ | Domain | 4 | 67 | 1.8e-27 | 95.9 | DnaJ domain |
XP_057764438.1 |
Pfam | PF01556 |
DnaJ_C | Domain | 163 | 321 | 4.2e-40 | 138.0 | DnaJ C terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。