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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000758

染色体: Chr05 坐标: 5870566-5871524 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000758
名称SmilChr05G000758
描述uncharacterized SmilChr05G000758
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5870566 - 5871524 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985472
GeneID130985472
locus_tag-
NCBI NameLOC130985472
原始查询LOC130985472

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817955]; symbol=AT2G33855; hit=AT2G33855; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817955]; symbol=AT2G33855; hit=AT2G33855; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G33855 (AT2G33855)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817955]
identity=52.7; qcov=0.827; evalue=1.45e-41; confidence=medium
RiceOs04g0475300
-
identity=40; qcov=0.894; evalue=3.53e-30; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985472

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764442.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057764442.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764442.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764442.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764442.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5870885 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 13 A1,A13,B101,B18,B27,B57,B82,B84,C18,C23,C34,C43,C48
Chr5:5870917 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 17 A1,A13,A4,B101,B18,B27,B57,B82,B84,C18,C23,C34,C36,C43,C48,C74,D4
Chr5:5870957 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 86 A14,A20,A25,A5,A7,A8,A9,B1,B103,B107,B111,B12,B123,B127,B13,B130,B132,B133,B136,B140,B19,B22,B31,B34,B35,B38,B39,B45,B46,B51,B56,B58,B6,B61,B65,B69,B7,B72,B73,B74,B75,B77,B8,B86,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B96,B97,B98,C1,C11,C12,C14,C15,C19,C21,C27,C28,C31,C35,C40,C41,C46,C49,C5,C51,C54,C61,C62,C63,C64,C66,C69,C71,C73,C76,C80,D10,D11,D6,D7
Chr5:5871007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,D4
Chr5:5871073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,B54
Chr5:5871104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr5:5871129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,C11,C69
Chr5:5871217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C60
Chr5:5871257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908459.1
TTTTATGGCAATTCATTCATTACTATTACCTACTCAACCTTACATGCGAGGGATAGAGATGCATCTTTAATTTTCTGCCAACTCTTCTACTTTGGCAATTGGCACCACCCCTATCTATCATCTTTCCATCCAATTTTTTGTTACCAAATTTACATGATTTCTACGAATTAATGGCTCGGAGCCTCGGACTAACAGAAAATGAAATTTGTAATATGCTCGTGCTACCAAAAAAATTATACTAGTAGACAATCGATGAGACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985472
ATGCAGATACAAAGCAGTAATATTTTAGCAATTATATTTAATAGTTTCATCCTATCTCTCACATCAACCACAACAAACACGATGGACAATACGAGTTGGGAGCAAAAACTCCACGCGCTGACTCACATCCTAACCAGCCCAACTCACGCGCCGCCGCTCCACTCTCAGATATTCATCGCCACCCAAATCCCCTGCTACCTCGATTGGGACTACCCCCCGCTCCTCTGCCGGCGCGCCGCCTCATCGGCGCCTCCGCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764442.1
MQIQSSNILAIIFNSFILSLTSTTTNTMDNTSWEQKLHALTHILTSPTHAPPLHSQIFIATQIPCYLDWDYPPLLCRRAASSAPPLMRWAFSQFIKRGRRWGLPETSWRCKCPYQLPPPLLLAKGVGAAEWGEEERRRYARSRFRRRRLGNDINPLIPILVPNILLLSLLFWAPVSLQD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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