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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000764

染色体: Chr05 坐标: 5908617-5912571 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000764
名称SmilChr05G000764
描述MACPF domain-containing protein NSL1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向5908617 - 5912571 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985477
GeneID130985477
locus_tag-
NCBI NameLOC130985477
原始查询LOC130985477

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MACPF domain-containing protein NSL1
产物MACPF domain-containing protein NSL1
ArabidopsisAT1G28380 (NSL1)
MAC/Perforin domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839735]
identity=62.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0166100 (P0039H02.131)
-
identity=55.7; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009626 (plant-type hypersensitive response); GO:2000031 (regulation of salicylic acid mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF01823 (MACPF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985477

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057764451.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057764451.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057764451.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057764451.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764451.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:5908807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr5:5908827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,D10
Chr5:5908950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr5:5909004 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B23,D2
Chr5:5909130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr5:5909246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr5:5909637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr5:5909640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,B67,C12,C78
Chr5:5909836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr5:5909952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr5:5910070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,D10
Chr5:5910121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764451.1
617 aa
N
1
308
617
MACPF
C
PF01823 MACPF 20-334 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764451.1 Pfam PF01823 MACPF Domain 20 334 1.3e-31 111.0 MAC/Perforin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908468.1
TCTCTCGGCTCCAACTTTAATTTTCTAACAACAACCTCCACTTCCATGGCGTACAACCCGAGCAGCAATGTTCGGATGGACGCGCAGGCCGCGGCGGAGAAGGCCGTTTCGGTTATCGGGTTCGGGTACGATCTGACGTCGGATCTCCGTTTGTCCGCCTGCAAGCACGGCCCCTCAGGGTCGGGTCTCATTGAACTGGACCGGACCCGCACCAAGGACTTACTGGTTCCCGGAAACGTCGTCGTTTCCCGCGTGCCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985477
ATGGCGTACAACCCGAGCAGCAATGTTCGGATGGACGCGCAGGCCGCGGCGGAGAAGGCCGTTTCGGTTATCGGGTTCGGGTACGATCTGACGTCGGATCTCCGTTTGTCCGCCTGCAAGCACGGCCCCTCAGGGTCGGGTCTCATTGAACTGGACCGGACCCGCACCAAGGACTTACTGGTTCCCGGAAACGTCGTCGTTTCCCGCGTGCCTTCCTCCATCAAGTGCGATAAAGGCGAGCGTACCAGATTCAGCTCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764451.1
MAYNPSSNVRMDAQAAAEKAVSVIGFGYDLTSDLRLSACKHGPSGSGLIELDRTRTKDLLVPGNVVVSRVPSSIKCDKGERTRFSSDALTFNQMSAHFNQELSLSGKIPSGLFNTMFGFKGSWQNDASTTKILAFDGWFIGLYTIELERSQITLCDSVKKEVPATWDPVALAEFIDKYGTHIVVGVKMGGKDVIHIKQLQNSNLQPTEVQKLLKQLADDRFCEDGDRNSAANSDISSTKSKVEQSIIWDLQLPFASTVRP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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