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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002648

染色体: Chr01 坐标: 44802533-44806877 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002648
名称SmilChr01G002648
描述RNA-binding NOB1-like protein
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向44802533 - 44806877 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985483
GeneID130985483
locus_tag-
NCBI NameLOC130985483
原始查询LOC130985483

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA-binding NOB1-like protein
产物RNA-binding NOB1-like protein
ArabidopsisAT5G41190 (AT5G41190)
RNA-binding NOB1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834121]
identity=54.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0114700
-
identity=50; qcov=0.965; evalue=2.91e-178; confidence=high
GOGO:0004521 (RNA endonuclease activity); GO:0030490 (maturation of SSU-rRNA); GO:0030688 (preribosome, small subunit precursor); GO:0042274 (ribosomal small subunit biogenesis)
KEGGsmil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF08772 (Zn_ribbon_NOB1); PF17146 (PIN_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985483

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764460.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764460.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764460.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764460.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057764460.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:44802768 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B36
Chr1:44802768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:44802841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,D4
Chr1:44804441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B60
Chr1:44804543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C77
Chr1:44804728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr1:44804910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B62
Chr1:44806007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B99,C2
Chr1:44806159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B78
Chr1:44806191 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr1:44806222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764460.1
624 aa
N
1
312
624
PIN_6
Zn_ribbon_NOB1
C
PF17146 PIN_6 53-139 aa PF08772 Zn_ribbon_NOB1 476-546 aa
XP_057764469.1
624 aa
N
1
312
624
PIN_6
Zn_ribbon_NOB1
C
PF17146 PIN_6 53-139 aa PF08772 Zn_ribbon_NOB1 476-546 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764460.1 Pfam PF17146 PIN_6 Domain 53 139 1.4e-23 83.8 PIN domain of ribonuclease
XP_057764460.1 Pfam PF08772 Zn_ribbon_NOB1 Domain 476 546 4.4e-23 81.9 Nin one binding (NOB1) Zn-ribbon like
XP_057764469.1 Pfam PF17146 PIN_6 Domain 53 139 1.4e-23 83.8 PIN domain of ribonuclease
XP_057764469.1 Pfam PF08772 Zn_ribbon_NOB1 Domain 476 546 4.4e-23 81.9 Nin one binding (NOB1) Zn-ribbon like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908477.1
AAATCTAAACCCTAATTCCCTAAACTAATCAGCGCCGCACAGCCACAGCTCCACCACCGCGCCTTGTCTGACTCCCATCGCTCTCCAGTCTCCACCACCGCGCGGTCCGCGCCGTCCCACCCCGCCGGCCGCCACCCCACCTACTCTGCGCCTGCAATCCCCCACCACGCCACCTCCGCGCTTGCAATCCCCCAGAGCAGCTCGAAGCTCGAGCGCAGAGCGCCGCAGATCTGCGCCTCTCTTCCCGACGGCCGACGCCC...
XM_057908486.1
AAATCTAAACCCTAATTCCCTAAACTAATCAGCGCCGCACAGCCACAGCTCCACCACCGCGCCTTGTCTGACTCCCATCGCTCTCCAGTCTCCACCACCGCGCGGTCCGCGCCGTCCCACCCCGCCGGCCGCCACCCCACCTACTCTGCGCCTGCAATCCCCCACCACGCCACCTCCGCGCTTGCAATCCCCCAGAGCAGCTCGAAGCTCGAGCGCAGAGCGCCGCAGATCTGCGCCTCTCTTCCCGACGGCCGACGCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985483
ATGGAAGTCCAAGCTCCGCCGCCTCCGTCGTGCTGGAGCAATGTCCTGAAGCAGCAACCCCCGTCACAACCACAACAAAAGCCACAGCACCAAGCTGACTTTATCGCCCAAAAATTGGTGGGAAGCTGCTCATCGACAAAGGGAATCGCGGTCGCGGTGGTCGACGCTAACGCAATAATTCAGGGCGGGGAGAGGCTCTTCCACTCCGCCGACCGTTTCGTCTCCGTCGCTGAGGTCATCAGCGAAATTCGCGATCCCGC...
LOC130985483
ATGGAAGTCCAAGCTCCGCCGCCTCCGTCGTGCTGGAGCAATGTCCTGAAGCAGCAACCCCCGTCACAACCACAACAAAAGCCACAGCACCAAGCTGACTTTATCGCCCAAAAATTGGTGGGAAGCTGCTCATCGACAAAGGGAATCGCGGTCGCGGTGGTCGACGCTAACGCAATAATTCAGGGCGGGGAGAGGCTCTTCCACTCCGCCGACCGTTTCGTCTCCGTCGCTGAGGTCATCAGCGAAATTCGCGATCCCGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057764460.1
MEVQAPPPPSCWSNVLKQQPPSQPQQKPQHQADFIAQKLVGSCSSTKGIAVAVVDANAIIQGGERLFHSADRFVSVAEVISEIRDPASRHALHFLPFTVDTLEPSPDALKKVVSFARATGDLQTLSDVDLKLIALTHTLESQIHGTQHLRDSPPPIHAVNIKRLPEKDLPGWGSNVPNLEEWEALDHAEDNGSHVNSRILPLKDLSLGVIPEGQTCTEDVSSQDGRSCAGNQENGDAVFGKPKRYYPKKSEVKIDGKKMV...
XP_057764469.1
MEVQAPPPPSCWSNVLKQQPPSQPQQKPQHQADFIAQKLVGSCSSTKGIAVAVVDANAIIQGGERLFHSADRFVSVAEVISEIRDPASRHALHFLPFTVDTLEPSPDALKKVVSFARATGDLQTLSDVDLKLIALTHTLESQIHGTQHLRDSPPPIHAVNIKRLPEKDLPGWGSNVPNLEEWEALDHAEDNGSHVNSRILPLKDLSLGVIPEGQTCTEDVSSQDGRSCAGNQENGDAVFGKPKRYYPKKSEVKIDGKKMV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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