Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000791`

染色体: Chr05 坐标: 6188019-6189171 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000791`
名称	SmilChr05G000791
描述	transcription factor bHLH162-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	6188019 - 6189171 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985506`
GeneID	`130985506`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985506`
原始查询	`LOC130985506`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor bHLH162-like
产物	transcription factor bHLH162-like
Arabidopsis	`AT4G20970` (AT4G20970) basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827844] identity=39.4; qcov=1.09; evalue=1.1e-35; confidence=medium
Rice	`Os01g0108600` (P0482C06.23-1) - identity=31.7; qcov=0.936; evalue=1.4e-16; confidence=low
GO	GO:0000977 (RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0046983 (protein dimerization activity); GO:0090575 (RNA polymerase II transcription regulator complex)
KEGG	-
Pfam	PF00010 (HLH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985506

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764488.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057764488.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764488.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764488.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764488.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:6188469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,C6
`Chr5:6188694`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr5:6188708`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C41
`Chr5:6188708`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C41
`Chr5:6188871`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B23
`Chr5:6188871`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B23
`Chr5:6188874`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B23
`Chr5:6188874`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B23
`Chr5:6188901`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B23
`Chr5:6188901`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B23
`Chr5:6188906`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B23
`Chr5:6188906`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764488.1

172 aa

172

HLH

PF00010 HLH 10-64 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764488.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	10	64	3.3e-07	30.7	Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908505.1
GAAATGGTCAAAAATCACTCCAAACATGGGTGCCACAAATAAAGCGCAAAGGCCCACTACTACTCCTTTTTCTTCCCAAGAGTATTAGTACAATGTTATGGAGTATTTAGCAAGTGCCTTTTCTATCCATATATTCACCTTTATCTTCTCAATCTTCAACATTACTGATTCGCAGTTGCAACAACCCAAATATAAATAAAAAAAATACACACACATCCACTTTGCATCTGGAGATGGATCATCAAAACCCTAGTTGTTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985506
ATGGATCATCAAAACCCTAGTTGTTCGAGAGCAGACAGAAAAACCATAGAGAAAAACCGGAGAAATGAGATGAAGGCCCTCTACACCAACCTCAACTCTCTAATTCCTCCTCAATCCCATTCCCGACCTAGGGAAATGGTTTCGTTGCCGGATCAGCTGGAAGCAGCGACGAACTACATAAAGATGCAGCAGGCTAAGTTGGAGAAGCTGAAACAGAAGAAAAACTGCCTTGTTTGGAGCAAAGGAGGGCCTAATAATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764488.1
MDHQNPSCSRADRKTIEKNRRNEMKALYTNLNSLIPPQSHSRPREMVSLPDQLEAATNYIKMQQAKLEKLKQKKNCLVWSKGGPNNLPNIDFRVSGSALEVVLITGLNCQFMFTRIIHLLHEEAAEVVAATFSVLDNTVFHTIHAKIGDQSAQNHGAAGISERLKKFAYDCI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器