Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000793

染色体: Chr05 坐标: 6219107-6221549 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000793
名称SmilChr05G000793
描述L-type lectin-domain containing receptor kinase VII.1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6219107 - 6221549 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985508
GeneID130985508
locus_tag-
NCBI NameLOC130985508
原始查询LOC130985508

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述L-type lectin-domain containing receptor kinase VII.1-like
产物L-type lectin-domain containing receptor kinase VII.1-like
ArabidopsisAT4G04960 (AT4G04960)
Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825837]
identity=62.6; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0531500
-
identity=41.6; qcov=0.958; evalue=9.06e-169; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00139 (Lectin_legB); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985508

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057764490.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764490.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764490.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764490.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764490.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6219298 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C22
Chr5:6219298 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C22
Chr5:6219357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C8,D11
Chr5:6219486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B51
Chr5:6219522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr5:6219570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C74
Chr5:6219621 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C79
Chr5:6219621 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C79
Chr5:6220019 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B56,B96
Chr5:6220019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr5:6220209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B7,C11,C69
Chr5:6220254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B63,B83,B95,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764490.1
687 aa
N
1
344
687
Lectin_legB
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00139 Lectin_legB 23-259 aa PF00069 Pkinase 348-614 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 351-615 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764490.1 Pfam PF00139 Lectin_legB Domain 23 259 8.9e-65 219.4 Legume lectin domain
XP_057764490.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 348 614 1.2e-45 156.7 Protein kinase domain
XP_057764490.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 351 615 7.9e-44 150.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908507.1
TCAAAACATAAACAATTCCCAAAGTCAGAGTATTATAGCTTTTTAATTTAAATATATAAAGGAAGAAGAGCAAGAACAGCGCACGGCAGCTAAGGTAAAGACGACCTATTCCTCTCCTTTCCCATTTAGCAATTTAGGCTCTCCTCCATTGCCATTTCCCCAAACAACTGTTTCCATGAATCTCAAGTCTCGTCATCAATGAAGAAACGCCGCTACGACCTTCTTCCCCTGCTACTGGCAACATTCACCGCGGCCGCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985508
ATGAAGAAACGCCGCTACGACCTTCTTCCCCTGCTACTGGCAACATTCACCGCGGCCGCTTCCGCCGTTGATTTCCTCTTCAACGGCTTCGATCCATCCCAAGTTTCCCTCTACGGCAACGCCACCATCGAATCCCGCATCCTCACACTCACCAACGACACCAATTACAACATCGGACGCGCGCTCTACCCCTCCAAAATCCCCACCAAGCTCCCCAATTCCTCCCTCCCTCTCCCCTTCCACACCTCCTTCATCTTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764490.1
MKKRRYDLLPLLLATFTAAASAVDFLFNGFDPSQVSLYGNATIESRILTLTNDTNYNIGRALYPSKIPTKLPNSSLPLPFHTSFIFAMAPYAGKLPGHGIVFLFSPHVGIDGSSSAQHLGLFNFTNNGDSNNHVFGVEFDVFKNEEFQDINDNHVGVDVDSLISVQSHEAGYWPQDSNSFKSSPLNNGKNYQVWIDYVDGSVNVTMAPVGIKRPNTPLLSVPLNLSGVLEDEMYVGFTASTGALVESHKILSWSFSNTNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器