Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002660

染色体: Chr01 坐标: 44846835-44855087 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002660
名称SmilChr01G002660
描述protein LIKE COV 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向44846835 - 44855087 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985511
GeneID130985511
locus_tag-
NCBI NameLOC130985511
原始查询LOC130985511

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LIKE COV 1-like
产物protein LIKE COV 1-like
ArabidopsisAT2G20120 (COV1)
CONTINUOUS VASCULAR RING protein (DUF502) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816531]
identity=77.6; qcov=0.996; evalue=9.42e-147; confidence=high
RiceOs05g0529000 (OsCOLE1)
-
identity=78.1; qcov=1.02; evalue=2.37e-146; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0010222 (stem vascular tissue pattern formation)
KEGG-
PfamPF04367 (DUF502)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985511

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057764496.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057764496.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057764496.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057764519.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057764519.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:44849505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B3
Chr1:44851826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr1:44853870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764496.1
270 aa
N
1
135
270
DUF502
C
PF04367 DUF502 112-212 aa
XP_057764519.1
269 aa
N
1
134
269
DUF502
C
PF04367 DUF502 112-212 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764496.1 Pfam PF04367 DUF502 Family 112 212 9.7e-27 93.7 Protein of unknown function (DUF502)
XP_057764519.1 Pfam PF04367 DUF502 Family 112 212 9.4e-27 93.7 Protein of unknown function (DUF502)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009088991.1
CAGCTCATCAAATGGCCCAAATTCAATCGTCATCCATCGTTGAATTTTGTGATTTACAACTAAAACACCAATTTAAATTGGTTCTCATTATTATTGGTTGATGCCTAATCTAACCAGCCATAACCCATAACAGTAAAGGAATGCTCATTCAATTCAAGCTCAATTTCTAGAGAGAGGGGCGGCTGAACACTGAATCTGTTAAGACTGAGAGTCTTTAAGGAGTGTGTGTGATGGGAGATGAGAAATCTCTCGGCGTGATG...
XR_009088992.1
CAGCTCATCAAATGGCCCAAATTCAATCGTCATCCATCGTTGAATTTTGTGATTTACAACTAAAACACCAATTTAAATTGGTTCTCATTATTATTGGTTGATGCCTAATCTAACCAGCCATAACCCATAACAGTAAAGGAATGCTCATTCAATTCAAGCTCAATTTCTAGAGAGAGGGGCGGCTGAACACTGAATCTGTTAAGACTGAGAGTCTTTAAGGAGTGTGTGTGATGGGAGATGAGAAATCTCTCGGCGTGATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985511
ATGGGAGATGAGAAATCTCTCGGCGTGATGGGCAGCGGCAGAGACAGAGATCGCGAGCTTCTTATACCGGTGGCTGATTCTGTTGACCGCCGCCTCGATGACGACGGCCCCTCCTCCGCCTCCGCTTCCTCCTCCCACCATCATTCTGGCCGTGAGACATTTTACAAAGTCGTGAGGAGCTGGGCTTCGAAGAAGTTCATGACTGGATGTGTCATCCTTCTACCAATAGCTATTACTTTCTATGTAACATGGTGGTTCAT...
LOC130985511
ATGGGAGATGAGAAATCTCTCGGCGTGATGGGCAGCGGCAGAGACAGAGATCGCGAGCTTCTTATACCGGTGGCTGATTCTGTTGACCGCCGCCTCGATGACGACGGCCCCTCCTCCGCCTCCGCTTCCTCCTCCCACCATCATTCTGGCCGTGAGACATTTTACAAAGTCGTGAGGAGCTGGGCTTCGAAGAAGTTCATGACTGGATGTGTCATCCTTCTACCAATAGCTATTACTTTCTATGTAACATGGTGGTTCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057764496.1
MGDEKSLGVMGSGRDRDRELLIPVADSVDRRLDDDGPSSASASSSHHHSGRETFYKVVRSWASKKFMTGCVILLPIAITFYVTWWFIHFVDGFFSPIYAQLGIDIFGLGFVTSITFIFLVGVFMSSWLGASVLSLGEWFIKRMPFIRHIYNASKQISAAISPDQNTRAFKEVAIIRHPRIGEYAFGFITSSLTLQSYSGEEELCCVYVPTNHLYIGDMFLVNAKDVIRPNLSVREGIGKICLHLFWYDNEVVAFFAFTDC...
XP_057764519.1
MGDEKSLGVMGSGRDRDRELLIPVADSVDRRLDDDGPSSASASSSHHHSGRETFYKVVRSWASKKFMTGCVILLPIAITFYVTWWFIHFVDGFFSPIYAQLGIDIFGLGFVTSITFIFLVGVFMSSWLGASVLSLGEWFIKRMPFIRHIYNASKQISAAISPDQNTRAFKEVAIIRHPRIGEYAFGFITSSLTLQSYSGEEELCCVYVPTNHLYIGDMFLVNAKDVIRPNLSVREGIEIVVSGGMSMPQILSTLDRHTTQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器