当前解析结果
SmilChr05G000814| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000814 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000814 |
| 描述 | secretory carrier-associated membrane protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 6372980 - 6383595 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985529 |
|---|---|
| GeneID | 130985529 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985529 |
| 原始查询 | LOC130985529 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | secretory carrier-associated membrane protein 2-like |
| 产物 | secretory carrier-associated membrane protein 2-like |
| Arabidopsis | AT1G61250 (SC3)secretory carrier 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842418] identity=65.8; qcov=1.02; evalue=5.59e-148; confidence=high |
| Rice | Os07g0564600 (SCAMP1)- identity=69; qcov=1.01; evalue=1.57e-156; confidence=high |
| GO | GO:0015031 (protein transport); GO:0032588 (trans-Golgi network membrane); GO:0055038 (recycling endosome membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04144 (SCAMP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985529 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 1.00000 | XP_057764528.1 |
| 2 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 1.00000 | XP_057764528.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.80000 | XP_057764528.1 |
| 4 | Secretory vesicle | Secretory vesicle | 0.40000 | XP_057764528.1 |
| 5 | Vesicle | 囊泡 | 0.40000 | XP_057764528.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:6379066 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:6379243 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr5:6379397 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B20 |
Chr5:6379549 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr5:6379559 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B20,B40 |
Chr5:6379682 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr5:6381180 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,C75 |
Chr5:6383323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764528.1PF04144
SCAMP 115-286 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764528.1 |
Pfam | PF04144 |
SCAMP | Family | 115 | 286 | 1.4e-58 | 198.7 | SCAMP family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。