Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000820`

染色体: Chr05 坐标: 6443558-6444805 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000820`
名称	SmilChr05G000820
描述	pre-mRNA-splicing factor CWC22
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	6443558 - 6444805 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985535`
GeneID	`130985535`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985535`
原始查询	`LOC130985535`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pre-mRNA-splicing factor CWC22
产物	pre-mRNA-splicing factor CWC22
Arabidopsis	`AT1G11125` (AT1G11125) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723097] identity=34.1; qcov=1.15; evalue=1.2e-23; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985535

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057764538.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057764538.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057764538.1`
4	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057764538.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764538.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:6443844`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C58,C69,D5
`Chr5:6443869`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B96,C61
`Chr5:6443901`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,A2,B126,B24,B93
`Chr5:6444121`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B59,B89
`Chr5:6444121`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B59,B89
`Chr5:6444141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr5:6444153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B42
`Chr5:6444180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B26,B42,B71,B95
`Chr5:6444185`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,C27,C44,C86
`Chr5:6444201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,C34,C40
`Chr5:6444232`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	A16,B32,B39,C69
`Chr5:6444232`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	4	A16,B32,B39,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908555.1
TCCTATTAGTGGTAGTGCAGAAAACAAAATACGTCATGCAAATTAAATTAAATAGAGACTGCAATGTCCATTTTAGAATTAGTAGTATTAATTATATGTATGATTTCCCAACCACAGAGTAGAACAGAAGCGAAGGCCTCCATCCATCCAATAAATTCACAAGATTCATTCTCCCAATCTTTACTCAACTACTTCCTTCTCACATCATTCATCACTCCCTGCGCCGCCTCATCTCACCATGTGAAATCCACCCACATTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985535
ATGGGCTGCTGCGCCAGCACCAATAAACCCACCCCACCTCCAAAAACCGCCCACATTCCCACCAATCACGGCGGCGTTAGCAAATCGCCGCCCCCCAGCGTCGAAGAGGAAACAGTCAAAGAAGTCCTCTCCGAAACCCCCACACTCCCCAAACCCCCTCCAGATTTCCATGCCAAGTCTCAGAGCGAGAGCCCCTTCATCAAGTCAGCCCCCCTCCTGCAAGACAAGGACCGCCACAAGCCGCCGTTCATGGCCGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764538.1
MGCCASTNKPTPPPKTAHIPTNHGGVSKSPPPSVEEETVKEVLSETPTLPKPPPDFHAKSQSESPFIKSAPLLQDKDRHKPPFMADDLSEASEICSTLSESVSASTSVTEKRDRNGERRIEFRELRPRSPARLRNRSFSGEMHREKTVGRSPARRSEPSPGRARPVPASSGYGRRRENGETSGRRSRSPVMRPEPGPGRAQSARKTGKSPGRVAPGSAEKIRKFDGGKESGDSKWPPTSASNESLENPLVSLECFIFL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器