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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000832

染色体: Chr05 坐标: 6541576-6542528 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000832
名称SmilChr05G000832
描述probable 2' cyclic ADP-D-ribose synthase BdTIR
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6541576 - 6542528 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985545
GeneID130985545
locus_tag-
NCBI NameLOC130985545
原始查询LOC130985545

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable 2' cyclic ADP-D-ribose synthase BdTIR
产物probable 2' cyclic ADP-D-ribose synthase BdTIR
ArabidopsisAT1G61105 (AT1G61105)
Toll-Interleukin-Resistance (TIR) domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745840]
identity=66.9; qcov=0.818; evalue=2.39e-76; confidence=high
RiceOs07g0566800 (OJ1092_A07.109)
-
identity=51.1; qcov=0.714; evalue=5.04e-44; confidence=medium
GOGO:0007165 (signal transduction)
KEGG-
PfamPF01582 (TIR); PF13676 (TIR_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985545

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057764553.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057764553.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764553.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764553.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764553.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6542376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,C38,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764553.1
192 aa
N
1
96
192
TIR
TIR_2
C
PF01582 TIR 28-125 aa PF13676 TIR_2 29-138 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764553.1 Pfam PF01582 TIR Domain 28 125 2.8e-13 50.8 TIR domain
XP_057764553.1 Pfam PF13676 TIR_2 Domain 29 138 1.1e-15 58.9 TIR domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908570.1
AAGAGAACAGCTAAAATACAAAACTAGCTATATACTCATCAAACACACATTCAATTAATATTTACGTATAGCATGCAACGTCGAGCCTCCGCCGTGGTGAGCACCATCGGGCGCCACCACCAGCTCCTCCGGCAGCAGCAGCGGCCCCCGTGCGACGTGTTCATCAACCACCGCGGCGTGGACACGAAGAAGAACGTGGCGGGGCTGCTGTACCACCACCTCCGCGGGCTGGGCATCGTCCCGTTCCTGGACAGCAAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985545
ATGCAACGTCGAGCCTCCGCCGTGGTGAGCACCATCGGGCGCCACCACCAGCTCCTCCGGCAGCAGCAGCGGCCCCCGTGCGACGTGTTCATCAACCACCGCGGCGTGGACACGAAGAAGAACGTGGCGGGGCTGCTGTACCACCACCTCCGCGGGCTGGGCATCGTCCCGTTCCTGGACAGCAAGAGCATGAAGGCCGGCGACCGGCTCTTCGACAAGATCGACGTGGCCATCGGGGAATGCAAGGTCGGCATCGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764553.1
MQRRASAVVSTIGRHHQLLRQQQRPPCDVFINHRGVDTKKNVAGLLYHHLRGLGIVPFLDSKSMKAGDRLFDKIDVAIGECKVGIAVFSPMYCDSYFCLHELSLMTQLHKRIVPVFCDVKPSELRVKDDGSRPPEDLRSFRAALQEAKYTVGLTFDTLRGDWPEFLANATDVVIKNLIEVEEEEEELKKRTI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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